Ominidi hanno scorrazzato per il Mozambico per oltre 2 milioni di anni e l'Homo Sapiens ha dimorato nell'area per almeno 100.000 anni. A partire da circa 2000 anni fa i popoli bantu (così chiamati dal loro gruppo linguistico di appartenenza) iniziarono a immigrare nella zona, portando con sé attrezzi e armi in ferro. Verso la fine del primo millennio numerose città lungo la costa del Mozambico si trasformarono in porti commerciali bantu, collegati al resto dell'Africa, al Medio Oriente e all'India. L'influenza araba in questi porti era molto forte e lo swahili era la lingua del commercio.

Questo era il Mozambico che diede il benvenuto a Vasco de Gama nel 1498. Il suo obiettivo era quello di stabilire dei punti di rifornimento per le navi portoghesi dirette in India, un compito che lo portò a scontrarsi con i commercianti arabi residenti. Il fiorente commercio di oro e avorio che ne derivò persuase i portoghesi a superare tali contrasti, e attorno alla metà del Settecento a questi commerci si aggiunse il trasporto degli schiavi. Contemporaneamente i portoghesi si spostavano verso l'interno procedendo nell'opera di colonizzazione.

Con gli inizi del XX secolo in Mozambico si andò delineando un preciso modello di sfruttamento: invece di far progredire il paese, i portoghesi si limitarono a dare in affitto le risorse disponibili, inclusa la forza lavoro, in modo particolare al Sudafrica e alla Rhodesia, sottraendo così larga parte della forza lavoro maschile. Un numero ancora maggiore di uomini lasciò il paese dopo che le già difficili condizioni di lavoro peggiorarono sotto il governo del presidente fascista Antònio Salazar che governò il Portogallo dal 1932 al 1968. Salazar introdusse colture estensive come il cotone e il riso, richiedendo la presenza di tutti i maschi oltre i 15 anni nelle piantagioni, dove spesso dovevano lavorare incatenati. L'incremento delle colture estensive fu accompagnato da una drastica riduzione della produzione alimentare, che portò a una diffusa carestia negli anni Quaranta e Cinquanta.

A rendere la situazione ancora peggiore i portoghesi non operarono alcun investimento sociale in Mozambico: dei pochi ospedali e scuole esistenti, la maggior parte era situata nelle città e riservata ai portoghesi, agli altri bianchi e ai privilegiati asimilados africani. Si arrivò al capolinea quando, nel 1960, i soldati portoghesi aprirono il fuoco sui manifestanti disarmati che protestavano contro le tasse, uccidendo circa 600 persone. Nacque così il movimento indipendentista.

Il Fronte di Liberazione del Mozambico, o Frelimo, si formò nel 1962. Capeggiato da Eduardo Mondlane, si prefiggeva di liberare il paese dal governo portoghese. La guerra si protrasse per oltre 10 anni, concludendosi effettivamente nel 1974 quando il regime fascista venne destituito. L'indipendenza del Mozambico venne proclamata il 25 giugno del 1975, e da quel momento cominciarono davvero i problemi.

I portoghesi se ne andarono nottetempo, se così si può dire, abbandonando il paese nel caos. Mancando le competenze professionali e le infrastrutture, con i capitali ridotti allo stremo, l'economia crollò. Il Frelimo, divenuto il partito di governo, si rivolse allora ai regimi comunisti dell'Unione Sovietica e della Germania orientale per un aiuto.

Con l'inizio degli anni Ottanta il paese rasentava la bancarotta, il denaro era senza alcun valore e i negozi vuoti. In aggiunta a questa instabilità andavano crescendo le tensioni tra il Mozambico, la Rhodesia e il Sudafrica, decisi a destabilizzare il Mozambico per aver ospitato basi nascoste dei loro rispettivi movimenti indipendentisti. I ribelli del Mozambico addestrati in Rhodesia formarono la Resistenza Nazionale Mozambicana, o Renamo, e finirono sotto il comando del Sudafrica.

Quanto avvenne in seguito è stato descritto con lo stereotipo della guerra civile, ma taluni fanno notare che la Renamo venne creata, addestrata e sostenuta da agenti stranieri. L'obiettivo della Renamo era quello di distruggere completamente le infrastrutture sociali e di comunicazione del Mozambico per giungere alla destituzione del governo. Nel 1983 siccità e carestia gettarono il paese in ginocchio. La Renamo compì attentati contro i convogli umanitari e bruciò i magazzini di cereali. Il Frelimo cedette gradualmente alla pressione e iniziò ad aprirsi all'Occidente, che rispose con l'invio di alimenti.

Le relazioni con il Sudafrica sono leggermente migliorate negli ultimi anni Ottanta, ma la minaccia della Renamo non fu debellata se non quando il Frelimo nel 1990 rigettò l'ideologia marxista. Entrambe le parti firmarono un trattato di pace nel 1992, mettendo ufficialmente fine alle ostilità. Le elezioni del 1994 sono state sorprendentemente tranquille e corrette, dando come risultato l'elezione del capo del Frelimo, Joaquim Chissano, alla presidenza. Da allora il Mozambico ha fatto molto per la propria ricostruzione, per quanto le mine antiuomo, la siccità e le carestie (delle quali una recente nel 1998) abbiano continuato a tormentarlo.

Nel giugno 2002 Chissano ha confermato di non aspirare a un terzo mandato. Nel dicembre 2004, il 63% dei votanti ha assegnato la Presidenza della Repubblica al candidato del Fronte di Liberazione del Mozambico (FRELIMO) scelto dal presidente in carica Chissano, Armando Guebuza. Il 2005 è anche l'anno in cui il Mozambico ha festeggiato il trentesimo anniversario della sua indipendenza dal Portogallo.