Il bel museo ha sede nell’antico palazzo arcivescovile (costruito nel XVI secolo), adiacente alla cattedrale. Nel cortile con porticato è possibile riconoscere resti arabi, romani e medievali. Le raffinate stanze al piano superiore conservano ancora gli arredi vescovili e una galleria di dipinti di maestri fiamminghi. Particolarmente degni di nota sono i 13 pannelli che rappresentano la vita della Vergine, in origine parte della pala d’altare della cattedrale e realizzati da anonimi artisti fiamminghi che operarono in Portogallo intorno al 1500.