La piccola e incantevole Igreja de São João, proprio di fronte al Templo Romano, fu eretta nel 1485 da Rodrigo Afonso de Melo, conte di Olivença e primo governatore portoghese di Tangeri, che la adibì a mausoleo di famiglia. La chiesa è tuttora una proprietà privata, appartenente ai duchi di Cadaval, ed è estremamente ben conservata.

Oltrepassato l’elaborato portale gotico si apre una navata rivestita dal pavimento al soffitto di fantastici azulejos realizzati nel 1711 da uno degli artigiani più noti del Portogallo, António de Oliveira Bernardes. Attraverso le grate nel pavimento si possono vedere i preziosi reperti presenti nel sottosuolo: una profonda cisterna araba precedente la costruzione della chiesa e un ossario che raccoglie le spoglie dei monaci. Nella sagrestia sono inoltre conservati frammenti di azulejos ancora più antichi.