La prima popolazione a comparire sull'altopiano iraniano fu probabilmente quella degli Elamiti, che fondarono Shush, una città situata nel remoto sud-ovest. Gli Ariani arrivarono nella regione nel II millennio a.C., portando con sé nuovi metodi agricoli e abitudini domestiche. Fino alla metà del VI secolo a.C., quando l'achemenide Ciro il Grande regnò sulla regione, non esistono documenti sulla storia di questo paese. La dinastia achemenide è considerata la fondatrice dell'impero persiano, che ha poi portato alla creazione dell'Iran.

Nel IV secolo a.C. Alessandro Magno invase la Persia dopo aver conquistato buona parte della Grecia, dell'Egitto, della Turchia e dell'Iraq. Nonostante le tre offerte concilianti di Dario III per riuscire a negoziare una pace, Alessandro entrò a Shush. Da lì gli ci volle del tempo per attraversare le montagne a est, ma alla fine occupò Persepoli. Dopo la morte di Alessandro, nel 323 a.C., il paese fu suddiviso in tre dinastie rivali, e la Persia cadde sotto il controllo dei Seleucidi della Macedonia. Ma questi ultimi ebbero le loro difficoltà a controllare le numerose e aggressive minoranze etniche, in particolare i Parti, un popolo nomade, che ottenne il controllo di quasi tutta la Persia fino al III secolo d.C.. I Sasanidi arrivarono in seguito dalle regioni centrali della Persia che non erano sotto il diretto controllo dei Parti. Fu un gruppo di industriosi seguaci della religione di Zoroastro che promosse uno sviluppo urbano nei villaggi e favorì le attività commerciali, ma alla fine cedette a dispute e controversie interne e fu sopraffatto dagli Arabi nel 637.

Gli Arabi governarono fino al 1050, riuscendo a convertire la maggior parte della popolazione all'islamismo e a introdurre la lingua e la cultura persiana. Furono poi sconfitti dalla dinastia turca, che occupò Isfahan nel 1051. Nonostante le numerose ribellioni, i Turchi tennero stretto il potere fino a quando caddero sotto la furia dei Mongoli, capeggiati da Gengis Khan all'inizio del XIII secolo. Quando i Mongoli non ebbero più capi in grado di governarli, alla fine del XIV secolo, la dinastia timuride colmò il vuoto lasciato, ma fu poi messa sotto pressione dalle tribù dei Turkmeni, dai Turchi ottomani e da colonialisti europei come i Portoghesi.

La successiva dinastia safavide (1502-1722) governò uno dei più potenti imperi persiani. L'intraprendente scià Abbas I e i suoi successori custodirono gelosamente la dottrina religiosa degli sciiti e ricostruirono Isfahan, ma il declino della dinastia fu accelerato dalle invasioni degli Afghani all'inizio del XVIII secolo. Gli Afghani non riuscirono a mantenere il potere e l'Iran fu governato da una successione di uomini pazzi, malvagi o bonari finché l'implacabile eunuco Aga Mohammed Khan, uomo dalla mente contorta, non si unì ai Cagiari della Turchia nel 1779 e stabilì la capitale a Teheran. Durante il regno dei Cagiari l'Iran visse un periodo di relativa pace fino al 1921, riuscendo a mantenersi neutrale nel corso della prima guerra mondiale, ma senza riuscire a evitare una parziale occupazione delle forze militari inglesi ansiose di assicurarsi un costante rifornimento di petrolio.

Uno degli ultimi re cagiari introdusse l'idea delle elezioni e di un'assemblea legislativa (chiamata Majlis), ma fino a quando, nel 1923, arrivò il persiano Reza Khan, uomo carismatico e influente, non se ne fece nulla. Reza divenne primo ministro e cominciò l'impegnativo compito di guidare il paese nel XX secolo. L'Iran (il nome fu adottato ufficialmente nel 1934) fu di nuovo neutrale durante la seconda guerra mondiale, ma la Gran Bretagna e la Russia vi stabilirono sfere di influenza per tagliare fuori la Germania. Nel 1941, Reza fu costretto all'esilio in Sud Africa e suo figlio, Mohammed Reza, gli succedette. Dopo la guerra, gli Stati Uniti si prodigarono per persuadere i Russi ad abbandonare il paese, il giovane scià riconquistò il potere assoluto e l'Iran si allineò con decisione all'Occidente.

Nei successivi trent'anni, la resistenza al regime di repressione e di modernizzazione dello scià si rinforzò. Poiché anche lo stato dell'economia continuava a peggiorare sotto la cattiva conduzione del periodo successivo al boom del petrolio, la crescente opposizione fece sentire la propria presenza con sabotaggi e massicce dimostrazioni di piazza. La replica dello scià divenne sempre più disperata e brutale, il sostegno statunitense vacillò, e alla fine lo scià si dovette dare alla fuga, il 16 gennaio 1979. Un paio di settimane più tardi il leader riconosciuto degli oppositori dello scià, l'Ayatollah Khomeini, ritornò dall'esilio cui era stato costretto accolto da milioni di persone in adorazione. Il feroce piglio nazionalistico e il fondamentalismo islamico portarono all'efficiente instaurazione di una repubblica islamica dominata dal clero, in cui gli Stati Uniti venivano dipinti come il 'Grande Satana' e anche Israele cominciò a essere considerato un nemico giurato.

Non era trascorso tanto tempo da quando l'Ayatollah era stato proclamato Imam (guida), che il presidente iracheno Saddam Hussein occupò in modo opportunista un territorio della provincia del Khuzistan. Fu una mossa disastrosa, che coinvolse i due paesi in una terribile guerra in cui morirono centinaia di migliaia di persone fino a quando, nel 1988, fu negoziato un insoddisfacente cessate il fuoco. Le potenze occidentali e l'Unione Sovietica sostennero l'Iraq, usando la logica del 'male minore', e le armi furono vendute all'Iran solo a prezzi estremamente gonfiati.

Il 4 giugno 1989 l'Ayatollah Khomeini morì, lasciando un'incerta eredità politica. Due mesi più tardi fu eletto presidente Hojjat-ol-Eslam Rafsanjani, che occupò una posizione che in precedenza era stata sostanzialmente formale, e il posto di Khomeini come Guida Suprema fu occupato dal precedente presidente, l'Ayatollah Ali Khamenei. Gli Stati Uniti proclamarono un embargo commerciale contro l'Iran, adducendo come ragione il sostegno iraniano ai gruppi terroristici che operavano nella regione e la destabilizzazione del processo di pace in Medio Oriente. In seguito all'elezione a schiacciante maggioranza di un presidente iraniano moderato, Hojjat-ol-Eslam Seyed Mohammad Khatami, avvenuta nel 1997, molti sperarono che le relazioni con il resto del mondo migliorassero. Tuttavia le relazioni dell'Iran con la Germania (e la maggior parte dell'Europa) toccarono il fondo nel 1997, dopo che un tribunale tedesco stabilì che il governo iraniano era coinvolto nell'assassinio di dissidenti curdi iraniani in Germania avvenuto parecchi anni prima.

L'elezione di Khatami indusse molte elettrici e giovani elettori a sperare che le ferree imposizioni della repubblica islamica sarebbero state allentate. Se da un lato la sua presidenza ha certamente stimolato un dialogo nazionale sull'allentamento delle restrizioni governative, dall'altro le crescenti divergenze fra l'ala liberale di Khatami e i sostenitori della linea dura del fondamentalismo del leader supremo Khamenei potrebbero essere la causa del moltiplicarsi dei casi di censura e discriminazione.

Nel febbraio 2001 a Teheran sono scoppiati dei disordini in seguito alla rivolta degli studenti, affiancati da quella parte della popolazione che mal sopporta le rigidità del sistema politico-religioso. Eventi condannati dall'Ayatollah Khamenei e dai quali ha preso le distanze lo stesso presidente Khatami, capo dell'ala riformista, che ha dichiarato che le proteste mettono in pericolo la sicurezza dello stato.

Khatami è stato confermato alla presidenza del paese nel giugno 2001, ricevendo il 77 per cento dei suffragi. Nel corso del 2002 si sono accentuate le frizioni tra riformisti e conservatori e l'azione del presidente ne è molto indebolita. Khatami deve fronteggiare anche la questione dei profughi afghani rifugiati in territorio iraniano e ha ribadito la sua ferma opposizione ai talebani, confermando la positiva cooperazione con il presidente Karzai, poiché la stabilità dell'Afghanistan è determinante per la stabilità dell'Iran.

La condanna a morte, il 7 novembre 2002, dell'intellettuale riformista Hashem Aghajari, docente di storia all'università di Teheran e giornalista, ha suscitato fermento nell'università, i professori del dipartimento di pedagogia si sono dimessi e gli studenti di storia hanno organizzato scioperi e dibattiti. Aghajari era stato accusato di apostasia in agosto per aver dichiarato di rifiutarsi di seguire ciecamente i dettami del clero. La sua condanna a morte è stata duramente criticata dai politici riformisti, dal presidente Khatami e dal presidente del parlamento Karrubi. La reazione degli integralisti islamici non si è fatta attendere: il 9 dicembre in centinaia hanno fatto irruzione all'interno dell'università, mentre gli studenti parlavano da un palco in difesa di Aghajari; vi sono stati diversi feriti gravi fra gli studenti.

La protesta degli studenti dai campus di Teheran è di nuovo esplosa nelle piazze, tra il 10 e il 16 giugno 2003, contro gli ayatollah, le riforme promesse dal governo e non mantenute; hanno chiesto più libertà, coinvolgendo molti cittadini che nelle strade della capitale hanno suonato i clacson delle loro automobili in segno di solidarietà con gli universitari. La loro protesta è stata diffusa dalle televisioni di tutto il mondo. Ma volontari islamici hanno fatto irruzione, armati, nei dormitori degli atenei e la polizia non li ha ostacolati e, anzi, ha arrestato centinaia di studenti. Quattro parlamentari, invece, hanno organizzato un sit-in di protesta condannando gli arresti ingiustificati. Il 9 luglio, quarto anniversario della rivolta degli studenti, benché marce e cortei fossero ufficialmente vietati, gli studenti hanno manifestato nella notte e sono nuovamente scoppiati scontri con la polizia e 250 arresti.

Le elezioni del 20 febbraio 2004 hanno prodotto un Parlamento a maggioranza assoluta conservatore poiché il Consiglio dei guardiani della rivoluzione aveva respinto la candidatura dei riformisti con maggiore popolarità e di un'ottantina di deputati allora in carica.

Il 1° giugno 2004 la Corte suprema ha annullato la condanna a morte dell'intellettuale dissidente Aghajari. Human Right Watch ha denunciato abusi sistematici, compresi arresti arbitrari, detenzioni senza processo, torture per estorcere confessioni, isolamento prolungato, abusi fisici e psichici contro gli oppositori politici.

Nel 2005, le riserve stimate di petrolio iraniano sono aumentate da 90bn a 132bn barili, equivalente a circa il 10% dei giacimenti globali. Resta il dubbio se le nuove scoperte significheranno un aumento del benessere per il paese, oltre che della produzione di greggio.

Il presidente Bush, all'inizio del secondo mandato, ha indicato l'Iran tra gli stati che rappresenterebbero una minaccia per la pace e la sicurezza internazionali. Il governo di Teheran ha continuato a difendere la sua posizione, accusando a sua volta Stati Uniti e Israele di progettare un attacco militare nell’area.

Le elezioni presidenziali del giugno 2005 hanno segnato la vittoria di Mahmoud Ahmadinejad. Il nuovo presidente ha dichiarato che nel governo eletto dal popolo non ci sarebbe stato spazio per l'estremismo, ma nel complesso, la presidenza di Ahmadinejad è stata abbastanza controversa. Le promesse iniziali di aumentare i posti di lavoro e migliorare le condizioni di vita dei poveri non sono state mantenute, mentre l’inflazione è cresciuta di molto, provocando lo scontento nella popolazione. Inoltre, le tensioni con gli Stati Uniti e con Israele non hanno fatto che aumentare negli ultimi anni.

In seguito alle elezioni presidenziali del 13 giugno 2009, che sono state vinte ufficialmente da Aḥmadinejād, ma sulla cui regolarità l'opposizione ha espresso forti dubbi, la tensione sociale del paese è notevolmente aumentata; manifestazioni non autorizzate e scontri di piazza sono scoppiati in tutto il paese, con un numero indefinito di morti provocato dall’intervento delle forze dell'ordine.