Le origini dell’antica e modesta cattedrale di Bragança risalgono al 1545, quando fu eretta come Igreja de São João Baptista. Nel 1770, con il trasferimento della sede episcopale da Miranda do Douro a Bragança, la chiesa fu elevata al rango di cattedrale. Fu quindi nuovamente declassata in seguito al completamento della nuova cattedrale, l’Igreja de Nossa Senhora Rainha, immediatamente a ovest del centro.