Adiacente alla cittadella, questo museo presenta oggetti d’arte antica cristiana e bizantina, oltre a ceramiche, monete e manufatti in argento, icone e manoscritti di epoca post-bizantina. Fra i tesori di valore inestimabile custoditi nel museo vi sono alcuni antichi libri stampati in lingua greca a Venezia ed elaborati portagioie in argento con smalti cloisonné. Le didascalie offrono ai visitatori un’affascinante panoramica sulla storia di Ioánnina dal IV al XVII secolo.