Poco tempo dopo la conquista ottomana della città, Mehmet il Conquistatore si recò in visita in questa chiesa del XIII secolo per discutere questioni teologiche con il patriarca della Chiesa ortodossa. I due dissertarono nella parte meridionale della chiesa, nota come parekklesion, che ora ospita un piccolo museo. La cappella, aggiunta del XIV secolo, presenta decorazioni a mosaici dorati.

Il mosaico più notevole è quello della cupola, che ritrae il Cristo Pantocratore con i 12 profeti, e quello della deesis (Cristo benedicente la Vergine e san Giovanni Battista) nell’abside.

Il piccolo complesso subì diverse aggiunte durante i secoli, prima di essere trasformato in moschea nel 1573. La moschea fu chiamata Fethiye (conquista) per commemorare le vittorie in Georgia e Azerbaigian del sultano Murat III.