Il museo conserva una delle migliori collezioni al mondo di mosaici romani e bizantini, coprendo un periodo che va dal I al V secolo d.C. Molti mosaici furono trovati quasi intatti a Tarso e Harbiye (l’antica Daphne), 9 km più a sud. Anche se il nuovo Museo dei Mosaici di Zeugma di Gaziantep sta meritatamente acquistando popolarità, per quanto appena meno straordinario quello di Antakya vale assolutamente una sosta in città.

Le prime quattro grandi sale hanno alti soffitti e sono illuminate dalla luce naturale, caratteristiche ideali per esporre mosaici costituiti con tasselli così minuti che a un primo sguardo potrebbero essere scambiati per dipinti. Da non perdere il mosaico a dimensioni naturali di Oceano e Teti (II secolo, sala 4) e il mosaico del banchetto (III secolo, sala 2) in cui figurano piatti di pollo, pesce e uova. Oltre alle consuete scene di caccia e di pesca (per esempio Thalassa e il Pescatore nudo, con bambini che cavalcano balene e delfini, sala 4), i mosaici raffigurano scene e personaggi mitologici come Narciso (sala 2) e Orfeo (sala 4), due straordinari mosaici del III secolo. Altri mosaici hanno soggetti più singolari: non perdetevi l’allegro gobbo con un fallo enorme, il pescatore nero o il misterioso ritratto di un corvo, uno scorpione, un cane e un forcone che attaccano il "malocchio" (tutti nella sala 3).

Altre sale contengono manufatti rinvenuti in vari tumuli della zona, di cui uno ittita nei pressi di Dörtyol, 16 km a nord di İskenderun. In una sala troneggia infine il cosiddetto Sarcofago di Antakya (Antakya Lahdı), una tomba incredibilmente ornata, con una figura incompiuta distesa sul coperchio.