La più vecchia delle molte moschee di Stone Town è la Misikiti wa Balnara (Moschea del Minareto di Malindi): costruita nel 1831, fu ampliata una prima volta nel 1841 e poi ancora nel 1890 da Seyyid Ali bin Said, figlio del sultano Seyyid Said. Fra le altre ricordiamo l’Aga Khan Mosque e l’imponente Ijumaa Mosque . In molti di questi edifici religiosi non è consentito entrare in quanto tuttora in funzione, ma se foste vestiti in modo appropriato potrebbero fare un’eccezione.