Il Museo Inka, su una strada in salita un isolato a nord-est di Plaza de Armas, è, nella sua squisita semplicità, il miglior museo di Cuzco per chi è interessato alla cultura inca. Gli interni restaurati ospitano una ricca collezione di oggetti in metallo e in oro, gioielli, ceramiche, tessuti, mummie, modelli e la più grande collezione al mondo di queros. Ci sono eccellenti didascalie in spagnolo e di solito è possibile ingaggiare guide che parlano inglese per una piccola somma.

L’edificio del museo, che poggia su fondamenta inca, è conosciuto anche con il nome di Casa dell’Ammiraglio, perché il suo primo proprietario fu l’ammiraglio Francisco Aldrete Maldonado. Gravemente danneggiato dal terremoto del 1650, fu ricostruito da Pedro Peralta de los Ríos, conte di Laguna, il cui cimiero fa bella mostra di sé sopra il portico. Altri danni furono inferti dal terremoto del 1950, ma ora sono stati completamente riparati e l’edificio è tornato a essere una delle più belle case coloniali di Cuzco. Spiccano la scalinata massiccia sorvegliata da sculture di creature mitiche e la colonna di una finestra d’angolo che dall’interno sembra la statua di un uomo barbuto, mentre dall’esterno ha le sembianze di una donna nuda. I soffitti sono decorati e dalle finestre si apre una bella vista su Plaza de Armas.

Al piano inferiore, nell’assolato cortile, alcune tessitrici andine vi daranno una dimostrazione della loro maestria; inoltre, vendono tessuti tradizionali direttamente al pubblico.