Questo eclettico museo è allestito nella Casa Garcilaso de la Vega, l’abitazione coloniale dello storico degli incas sepolto nella cattedrale. La collezione, disposta in ordine cronologico, inizia con punte di frecce del periodo preceramico e prosegue con ceramiche e gioielli delle culture wari, pukara e inca.

Ci sono anche una mummia nazca, alcuni tessuti inca, piccoli oggetti ornamentali d’oro e un modello in scala di Plaza de Armas, dall’aspetto stranamente sinistro. Un grande tabellone esplicativo nel cortile traccia la cronologia e gli esponenti della Escuela Cuzqueña.