Più austera rispetto a molte altre chiese di Cuzco, l’Iglesia San Francisco risale ai secoli XVI e XVII ed è una delle poche che non ebbe bisogno di essere ricostruita completamente dopo il terremoto del 1650. Ospita una grande collezione di dipinti sacri del periodo coloniale, oltre a un bel coro in legno di cedro intagliato.

Il museo (ingresso S8; 9-12 e 15-17 lun-ven, 9-12 sab) annesso ospita quello che è probabilmente il più grande quadro del Sud America, che misura 9 m per 12 e raffigura l’albero genealogico di san Francesco d’Assisi, fondatore dell’ordine. Le due cripte, solo parzialmente sotterranee, contengono ossa umane, alcune delle quali sono state sistemate con cura in modo da formare dei disegni che ricordano al visitatore la natura transitoria della vita.