La cattedrale, che occupa il luogo in cui si trovata il palazzo di Viracocha Inca, fu edificata con i blocchi di pietra sottratti dal vicino sito inca di Sacsaywamán. La sua costruzione iniziò nel 1559 e richiese quasi un secolo. L’edificio costituisce un unico complesso con la Iglesia del Triunfo (1536), alla sua destra, e la Iglesia de Jesús María (1733), sulla sinistra.

El Triunfo, la chiesa più antica di Cuzco, ospita una volta sotto la quale riposano i resti del famoso storico della civiltà inca Garcilaso de la Vega, che nacque a Cuzco nel 1539 e morì a Córdoba, in Spagna, nel 1616. Le sue spoglie furono restituite alla città nel 1978 dal re Juan Carlos di Spagna.

La cattedrale ospita una delle più importanti collezioni di opere d’arte coloniale di Cuzco, specialmente della Escuela Cuzqueña (Scuola di Cuzco), degna di nota per aver saputo coniugare gli stili della pittura devozionale dell’Europa seicentesca con i colori e l’iconografia dell’arte andina. Un esempio classico è rappresentato dalla raffigurazione della Vergine Maria che indossa una gonna a forma di montagna orlata da un fiume che scorre, un’immagine che viene identificata con quella della Pachamama (la Madre Terra).

Uno dei dipinti più famosi della Escuela Cuzqueña è L’ultima cena dell’artista quechua Marcos Zapata. Questo dipinto, che si può ammirare nell’angolo nord-orientale delle cattedrale, raffigura uno degli eventi più solenni della fede cristiana, ma con un’impronta locale, data dal piccolo banchetto di cibi cerimoniali andini; osservate il pingue e succulento cuy (porcellino d’India) arrosto, che, con la zampa malinconicamente sospesa a mezz’aria, ruba la scena ai personaggi.

Da non perdere, inoltre, è il più antico dipinto di Cuzco, che raffigura l’intera città durante il grande terremoto del 1650. Nell’opera, gli abitanti sfilano in processione lungo la piazza reggendo un crocifisso e pregando che il terremoto finisca: come per miracolo, la terra smette di tremare. Il prezioso crocifisso, detto El Señor de los Temblores ("Signore dei terremoti"), è tuttora esposto nella nicchia a destra della porta che conduce a El Triunfo. Ogni anno, in occasione del Lunedì Santo, il Señor viene portato in processione e i devoti lanciano nella sua direzione fiori di ñucchu - che sembrano gocce di sangue e rappresentano le ferite della crocifissione. I fiori lasciano un residuo colloso che intrappola il fumo delle candele votive accese ai piedi della statua: ecco perché adesso è nerastra. Secondo la leggenda, sotto la veste sarebbe candida come un giglio.

Le pareti della sacrestia della cattedrale sono coperte di dipinti che ritraggono i vescovi di Cuzco, a cominciare da Vicente de Valverde, il frate che accompagnò Pizarro durante la conquista. La Crocifissione in fondo alla sacrestia è attribuita al pittore fiammingo Antoon van Dyck, ma secondo alcune guide sarebbe stata eseguita nel XVII secolo dallo spagnolo Alonso Cano. L’altare ligneo originale è in fondo alla cattedrale, dietro l’odierno altare d’argento; di fronte ai due altari c’è il coro magnificamente intagliato, risalente al XVII secolo. Ci sono anche molte stupende cappelle laterali luccicanti d’oro e d’argento, che contengono elaborati piedistalli e altari in netto contrasto con l’austerità della struttura in pietra della cattedrale.

I grandi portali principali della cattedrale sono aperti ai fedeli dalle 6 alle 10. Le feste religiose sono ottime occasioni per visitare l’edificio. Durante la festa del Corpus Domini, per esempio, la chiesa è piena di piedistalli sui quali svettano grandi statue raffiguranti vari santi, circondate da migliaia di candele e da gruppi di musicisti che eseguono tristi melodie andine in loro onore.