La storia della cattedrale che domina la piazza principale di Arequipa è segnata dalle disgrazie. La struttura originale, costruita nel 1656, fu distrutta da un incendio nel 1844. Ricostruita, la chiesa fu nuovamente danneggiata da un terremoto nel 1868, e gran parte di ciò che si vede oggi risale alla ricostruzione successiva a questa data. Il sisma del 2001 ha provocato il crollo di uno dei giganteschi campanili, lasciando l’altro in un equilibrio piuttosto precario, anche se entro la fine dell’anno successivo la cattedrale aveva riacquistato ancora una volta il suo aspetto originario.

Questa cattedrale è l’unica in Perú a occupare l’intero lato di una piazza. L’interno, con le sue alte volte, è semplice e arioso, illuminato dalla luce naturale e caratterizzato da un tocco di internazionalità: la basilica è infatti una delle poche del mondo (meno di 100) autorizzate a esporre la bandiera del Vaticano, posta a destra dell’altare. Sia l’altare sia le 12 colonne (simboli degli apostoli) sono realizzati in marmo italiano. L’enorme lampadario di ottone in stile bizantino, appeso di fronte all’altare, proviene dalla Spagna, mentre il pulpito fu scolpito in Francia. Nel 1870 il Belgio donò alla cattedrale l’imponente organo, che ha fama di essere il più grande del Sud America, anche se un danno subito durante il trasporto per mare condannò i fedeli ad ascoltare note stonate per oltre un secolo.