Il museo, situato tra il santuario e il teatro, raccoglie statue e iscrizioni su pietra che testimoniano il risultato di cure miracolose, strumenti chirurgici, offerte votive e una parziale ricostruzione della tholos, in origine sicuramente molto elaborata. Le informazioni scritte purtroppo non abbondano, ma alcune statue e frammenti marmorei riescono a dare un’idea della struttura originaria del santuario. Si ritiene che, dopo il teatro, la tholos fosse la costruzione più spettacolare del complesso e nel museo sono esposti alcuni frammenti degli splendidi bassorilievi riccamente scolpiti che ne ornavano il soffitto. Le statue sono quasi tutte copie (gli originali si trovano nel Museo Archeologico di Atene).