L’attrattiva di maggiore interesse di Krapina è questo museo di recente costruzione situato pochi passi a ovest del centro. Scavato nella parete rocciosa della collina e chiuso sul davanti da vetrate, questo spazio espositivo distribuito su due piani ripercorre la storia e la geologia della regione con mostre hi-tech corredate da legende informative in tre lingue. Dopo un documentario introduttivo proiettato nella sala principale, la visita del museo viene condotta in modo da simulare un viaggio di scoperta fino alle origini, con camere sotterranee, diorami estremamente realistici di uomini di Neanderthal e moltissimi giochi interattivi. Al secondo piano si accede tramite un passaggio poco illuminato, che tende a sfuggire all’attenzione del visitatore, appena rischiarato da luci originali.

La parte che si sviluppa all’aperto ‒ vale a dire la collina in cui furono rinvenuti i reperti ‒ ospita una mostra di modelli di uomini di Neanderthal a grandezza naturale raffigurati in vari atteggiamenti, per esempio nell’atto di brandire clave o di scagliare pietre.

Si può entrare in questo museo fino a un’ora prima dell’orario di chiusura ufficiale.