Nel VI secolo san Brendano e i suoi monaci, veleggiando nell'Atlantico settentrionale, avvistarono un paio di isole, da essi chiamate rispettivamente l'Isola delle Pecore e il Paradiso degli Uccelli. Gli storici moderni ritengono possa senz'altro trattarsi di due isole dell'arcipelago delle Faeroer. Il Paradiso degli Uccelli parrebbe corrispondere all'attuale Mykines, che è la più occidentale del gruppo e ospita una colonia di uccelli insolitamente consistente. I primi esseri umani a stabilirsi sulle isole furono i monaci irlandesi, i quali tuttavia non vi misero piede prima della fine del VI secolo, in cerca di anime pagane da salvare o di un luogo in cui poter trascorrere in pace una vita di devozione. La permanenza dei monaci sulle isole non è sufficientemente documentata, ma è probabile che i greggi di pecore trovati sul posto dai norvegesi nel IX secolo derivassero da una razza molto robusta di ovini introdotta dagli irlandesi alcuni secoli prima. Allo stesso modo degli originari coloni islandesi, i primi norvegesi giunti alle Faeroer erano semplici agricoltori e pastori alla ricerca di un luogo tranquillo, lontano dalle scorrerie dei pirati e dalle prepotenze dei despoti che imperversavano sulla terraferma.

Secondo la Saga di Færinga, scritta in Islanda nel XIII secolo, le Faeroer si convertirono al cristianesimo intorno all'anno Mille e furono dichiarate territorio costituzionale del regno di Norvegia nel 1035. La Norvegia fu a sua volta unita formalmente al regno di Danimarca nel 1380 e, da quel momento, le isole adottarono l'ordinamento legislativo e giuridico in vigore in Danimarca. Sin dall'inizio il governo locale si costituì in un Alping o 'Assemblea del popolo', ma dopo il 1380 il parlamento cessò la sua attività e l'Alping si trasformò in poco più di una corte reale a livello locale. Nel 1655 il governo danese donò le Faroer a Christoffer von Gabel come feudo personale, ma il potere oppressivo di Gabel e di suo figlio Frederick portò agli isolani tanto sfruttamento e privazioni, che nel 1709 il governo tolse ai von Gabel il controllo delle isole.

Nel 1849 la Danimarca incorporò ufficialmente le Faroer nel territorio danese, concedendo ai rappresentanti delle isole due seggi in parlamento, ma a fine secolo il desiderio di autogoverno nelle Fær øer incominciava a farsi sentire, senza tuttavia raggiungere risultati concreti. Durante la seconda guerra mondiale gli Inglesi occuparono le isole per garantirsi vie di comunicazione sicure in quella zona cruciale dell'Atlantico settentrionale e per impedire che le isole cadessero, come il resto della Danimarca, nelle mani dei tedeschi. Alcuni abitanti delle Faroer pensarono di cogliere l'occasione per dichiarare la completa indipendenza dalla Danimarca, ma questa nel 1948 approvò una legge relativa all'autogoverno dell'arcipelago (Act on Faroese Home Rule) e lo stato ufficiale delle isole fu trasformato da quello di 'contea della Danimarca' a quello di 'comunità di autogoverno nell'ambito del regno di Danimarca'.

Quando la Danimarca si unì alla Comunità Europea le Faroer rifiutarono di seguirne l'esempio, adducendo come motivo la questione a lungo dibattuta del limite di esclusione di 322 km. Le isole oggi hanno una loro bandiera, il føroyskt è stato dichiarato lingua ufficiale del paese (anche se i bambini sono tenuti a imparare il danese a scuola) e il Løgtig, un tempo consiglio di contea, funziona ora come corpo legislativo. Gli abitanti delle Faroer possono prendere qualsiasi decisione sui loro affari interni a patto che queste non comportino un coinvolgimento dello stato danese, mentre quest'ultimo mantiene il controllo e la responsabilità del settore assicurativo e bancario, della difesa, delle relazioni internazionali e della giustizia concedendo alle isole, in cambio di questo privilegio, un contributo annuale di circa US$200 milioni.

Dieci anni dopo una seria recessione che nei primi anni '90 del secolo scorso ha visto un significativo flusso migratorio verso la Danimarca si è verificata una ripresa dei profitti nel campo della pesca del merluzzo.