L'aeroporto internazionale di Kampala in realtà si trova a Entebbe, 35 km a sud-ovest della capitale, famoso per il drammatico 'raid di Entebbe' del 1976, quando un commando israeliano arrivò in Uganda per liberare i propri connazionali, tenuti in ostaggio, dai militanti palestinesi, a bordo di un aeromobile. (L'evento fu enfatizzato in una pellicola dozzinale con Charles Bronson, I leoni della guerra, 1977). In seguito si scoprì che Idi Amin era in combutta con i dirottatori. Diversi taxi e minibus fanno la spola fra l'aeroporto e Kampala. Vi sono voli da Londra, Amsterdam e Brussels. I due principali valichi di frontiera utilizzati dai viaggiatori che giungono in Uganda dal Kenya sono Malaba e Busia. Per raggiungere l'Uganda dalla Tanzania si attraversa la sporgenza di Kagera sul lato occidentale del lago Vittoria tra Bukoba e Masaka. Dalla Repubblica Democratica del Congo, i due principali valichi di frontiera sono nella parte ovest del paese, da Kisoro a Rutshuru via Bunagana, e nel nord-ovest, da Kasese a Beni. Occorre segnalare che in passato ci sono stati disordini nella parte orientale della Repubblica Democratica del Congo, di conseguenza, prima di scegliere questa via, informatevi sulla situazione attuale. Anche l'ingresso via terra in Ruanda potrebbe non essere sicuro e nel Sudan è attualmente impossibile. Fra Kampala e Nairobi esistono collegamenti giornalieri diretti con autobus che impiegano da 12 a 14 ore.

Gli ugandesi si spostano in genere con minibus collettivi (chiamati taxi) che circolano frequentemente. Le tariffe sono fisse e le partenze avvengono quando il veicolo è al completo. Alcune compagnie aeree minori, come la Eagle Uganda, operano all'interno del paese. Le città principali sono collegate giornalmente da autobus e i minibus dell'EMS Post partono da Kampala e raggiungono i centri maggiori diverse volte la settimana. Il costo è inferiore e i mezzi sono più sicuri e veloci degli autobus. A Kampala circolano anche dei taxi a pedali (chiamati boda-boda, in quanto in origine trasportavano le persone tra i posti di frontiera, chiamati, appunto, boda). I principali centri abitati del sud sono collegati da una eccellente rete stradale, ma alcuni percorsi richiedono un fuoristrada. Vicino all'aeroporto di Entebbe ci sono diversi autonoleggi, così come a Kampala e nelle città principali. Chi intende noleggiare un mezzo deve essere in possesso della patente internazionale e tenere presente che in Uganda la guida è a sinistra, non esistono segnali stradali e il carburante e il noleggio dell'auto sono spaventosamente cari. In Uganda esiste una rete ferroviaria, ma serve soltanto per il trasporto merci.