Il clima caldo e umido che caratterizza tutto l'anno Zanzibar è dovuto ai monsoni, i quali tuttavia portano anche brezze marine che alleviano l'afa. Le precipitazioni più consistenti si registrano da marzo a maggio, quando molti alberghi e ristoranti rimangono chiusi. Esiste anche una breve stagione delle piogge da novembre all'inizio di dicembre, ma i rovesci possono verificarsi in qualsiasi stagione, soprattutto a Pemba.