Il solo volo dall'Europa parte da Lisbona con la TAP (la linea aerea portoghese). Ci sono voli regolari tra São Tomé e Libreville, in Gabon, Douala (Camerun) e Malabo (Guinea Equatoriale). São Tomé può anche essere raggiunta via mare da Libreville e da Douala. La tassa d'imbarco può essere pagata unicamente in contanti e in dollari americani. Vi è un servizio non regolare di traghetti da Libreville, ma gli operativi cambiano di continuo; vi consigliamo d'informarvi prima di programmare questo tipo di viaggio. Inoltre il prezzo non è molto differente da quello dell'aereo.

La Air São Tomé e Príncipe ha tre voli settimanali tra le isole e ci sono anche dei traghetti, ma poco frequenti. Molte strade sono asfaltate ma le buche rallentano l'andatura. Sull'isola di São Tomé ci sono numerosi taxi e colectivos che collegano la maggior parte dei paesi. A Príncipe ci sono solo 12 km di strade e l'unico mezzo di trasporto pubblico è un minibus rosso.