Dopo il tracollo delle Linee Aeree Jugoslave (JAT) sono comparse alcune compagnie locali che offrono voli diretti da Skopje a città della Germania, della Svizzera e dell'Olanda. Ma vi sono anche compagnie internazionali, come Air France e Lufthansa. A Ohrid c'è anche un aeroporto internazionale. Attenzione, perché la tassa di imbarco potrebbe essere inclusa nel biglietto. Dall'autostazione internazionale di Skopje partono ogni giorno pullman per Sofia, Tirana, Istanbul e Belgrado, e due volte la settimana per Monaco di Baviera. L'unica linea da e per la Croazia passa attraverso Belgrado e l'Ungheria. Dalla Macedonia all'Albania e viceversa si può andare in pullman con la linea fra Skopje e Tirana, oppure a piedi, attraverso il confine di Sveti Naum nei pressi di Ohrid. I collegamenti fra Macedonia e Serbia sono assicurati dalle reti autostradali e ferroviaria. Fra Skopje e Salonicco sono disponibili invece due treni al giorno; se si intende proseguire il viaggio in Grecia conviene acquistare il solo biglietto fino a Salonicco, e procurarsi qui il biglietto per Atene. Fra Macedonia e Bulgaria non esistono collegamenti ferroviari diretti e il viaggio in treno fra Skopje e Sofia è sconsigliato, in quanto si è costretti a cambiare vettura in Iugoslavia, dove è richiesto un visto.

La rete di autotrasporti in Macedonia è ben sviluppata, con frequenti collegamenti fra Skopje, Ohrid e Bitola. Sulla linea da e per Ohrid conviene sempre prenotare i posti con buon anticipo. Poco pratici, per altro, i collegamenti ferroviari interni: ad esempio, il treno locale da Skopje a Bitola impiega quattro ore per coprire una distanza di 230 km.