La prima messa in latino di Lima si tenne nel 1534 sul piccolo terreno su cui oggi sorge la Iglesia de la Merced. Edificata originariamente nel 1541, fu ricostruita diverse volte nel corso dei due secoli successivi. Buona parte dell’edificio attuale risale al XVIII secolo. Ciò che colpisce maggiormente l’osservatore è l’imponente facciata di granito, scolpita in stile churrigueresque (uno stile estremamente elaborato, diffusosi durante il tardo barocco spagnolo). All’interno, la navata è ornata di una ventina di sfarzosi altari barocchi e rinascimentali, alcuni interamente scolpiti nel mogano.

Entrando, sulla destra, si nota una grande croce d’argento che in passato apparteneva a padre Pedro Urraca (1583-1657), venerato per avere avuto una visione della Vergine. È un luogo di pellegrinaggio per i fedeli peruviani, che vengono qui per posare la mano sulla croce e chiedere l’intercessione per un miracolo.