Situato accanto alle rovine della Iglesia y Convento de Santo Domingo, questo museo espone una collezione di manufatti sacri del periodo coloniale, in parte risalenti al XVI secolo.

Varcata la soglia del complesso religioso si nota l’Arco Chato, un grande arco privo di pilastri rimasto in piedi per secoli, che ebbe un suo ruolo nella decisione di costruire il canale in Panamá e non in Nicaragua: il fatto che avesse resistito così a lungo dimostrava che quest’area non era zona sismica. Crollato nel 2003, è stato in seguito ricostruito.