Il nuovo aeroporto internazionale di Sepang, 50 km a sud di Kuala Lumpur, è stato inaugurato nel giugno 1998. Gran parte dei turisti vola fino a qui o arriva via terra dalla Thailandia o da Singapore. Anche Penang costituisce uno scalo internazionale e Kuching a Sarawak e Tawau a Sabah dispongono di voli per/da Kalimantan. Vi è una tassa sui voli internazionali in partenza pari a 40 dollari malesi, già inclusa nel prezzo del biglietto se lo avete acquistato in Malaysia. Tra la Malaysia e la Thailandia vi sono quattro posti di frontiera (due sulla costa occidentale, uno nella regione centrale e uno sulla costa orientale) e un collegamento ferroviario lungo la zona costiera occidentale. Per arrivare da o andare a Singapore, si attraversa il viadotto presso Johor Bahru oppure si prende un treno o un'imbarcazione. Tre linee di traghetti fanno la spola tra la Malaysia e l'Indonesia (Penang-Medan, Melaka-Dumai e, nella Malaysia orientale, Tawau-Tarakan) e vi è anche una strada accidentata che collega Sarawak a Kalimantan.

La principale linea aerea malese è la Malaysian Airline System (MAS), che dispone di voli tanto sulla penisola quanto sugli stati di Sarawak e Sabah. Le tariffe sono ragionevoli, ma è difficile che vi serviate di voli all'interno della penisola a meno che non abbiate davvero poco tempo. Costa meno arrivare in volo nella Malaysia orientale partendo da Johor Bahru piuttosto che da Kuala Lumpur. A differenza della zona peninsulare, nella parte orientale del paese l'aereo è l'unico mezzo rapido per spostarsi, ma ricordatevi che i voli che partono da Sarawak o da Sabah sono spesso pieni durante le vacanze scolastiche e che hanno una spiacevole tendenza al ritardo a causa della variabilità del tempo. Controllate sempre sul web per trovare offerte. La Malaysia peninsulare dispone di un servizio capillare di autobus, veloce ed economico, tanto che è sicuramente il modo migliore per visitarla. A Sabah le strade sono in condizioni eccellenti e non vi sarà difficile trovare un minibus che vi porti alle destinazioni più importanti. Diversamente, gli autobus di Sarawak percorrono la strada principale e pochi altri tragitti. Anche il servizio ferroviario della penisola è economico ed efficiente: le linee più importanti sono quella che collegano Singapore alla Thailandia passando per Kuala Lumpur e Butterworth e quella che, mediante una diramazione a Gemas, prosegue per Kota Bharu in direzione nord-est. A Sabah, vi consigliamo il treno a scarto ridotto che, partendo da Tenom, supera la gola del Fiume Pegas e poi si dirige verso Kota Kinabalu. Sulla penisola, i taxi che percorrono lunghe distanze costano il doppio rispetto agli autobus ma rappresentano un modo efficiente e, al confronto, lussuoso per viaggiare. Se invece volete affittare una macchina potrete trovare tutte le principali agenzie a Kuala Lumpur. Non vi sono traghetti tra le due regioni della Malaysia, mentre numerosi motoscafi percorrono i fiumi di Sarawak e di Sabah. Non tutti i taxi malesi sono dotati di tassametro. I risciò sono quasi del tutto scomparsi a Kuala Lumpur, ma si possono ancora trovare nelle zone rurali. I trasporti pubblici della capitale sono disastrosi e quindi evitate di andare in giro nelle ore di punta.