Gli affreschi recuperati dal chiostro dopo i gravissimi danni provocati dalle bombe incendiarie alleate durante la seconda gruerra mondiale sono esposti nella cosiddetta Sala degli affreschi. Qui si trovano opere restaurate come Il trionfo della morte e Il giudizio universale, attribuite a un pittore anonimo del XIV secolo noto come ’Maestro del trionfo della morte’ (probabilmente Buonamico Buffalmacco). Ci sono anche sarcofagi di origine greco-romana, usati nel medioevo per la sepoltura dei ricchi pisani.