Dietro la porta vicino all’altare è nascosto uno dei fiori all’occhiello di Milano: la Cappella Reale del XVI secolo. Gli straordinari affreschi di Bernardino Luini immortalano Ippolita Sforza e la sua famiglia in compagnia di sante e martiri - osservate con che naturalezza Santa Lucia tiene in mano i suoi occhi e Santa Agata porta i suoi seni su un vassoio.