I principali punti di arrivo dell'Indonesia sono Jakarta e Bali. A Jakarta fanno scalo più aerolinee ma, grazie al gran numero di turisti, anche Bali è molto trafficata. Vi sono tre valichi di confine in Indonesia: a Entikong, fra il Kalimantan e Sarawak; a Motoain fra Timor Ovest e Timor Est; e la strada fra Jayapura o Sentani (Papua) a Vanimo in Papua Nuova Guinea. Per quanto concerne i visti vi consigliamo di procurarvelo prima di arrivare al posto di confine poiché le normative subiscono spesso delle variazioni. I maggiori collegamenti via mare sono quelli fra la Malaysia e Sumatra e sono assicurati da traghetti veloci da Penang a Medan. Gli altri collegamenti sono tra Dumai (Sumatra) e Malaka (Malacca). Altri traghetti fanno rotta dal sud della Malesia (Johor Bahru) a Riau Islands. Vi sono anche traghetti veloci dalla costa orientale del Kalimantan a Sabah in Malesia.

Ci sono molte compagnie aeree che effettuano voli interni, tra cui Garuda, Mandala, Merpati e Bouraq. Ogni aerolinea pubblica un orario nazionale che può essere richiesto nei rispettivi uffici a Jakarta. Per le rotte più frequentate conviene prenotare con molto anticipo, soprattutto nell'alta stagione tra luglio e agosto. Le strade principali dell'Indonesia sono in genere ben asfaltate, anche se il viaggio via terra può essere reso problematico in futuro dalla richiesta del FMI di eliminare le sovvenzioni governative sulla benzina. Le partenze degli autobus sono frequenti e la maggior parte dei mezzi ha l'aria condizionata e il televisore - ma gli standard si abbasseranno dato l'attuale caos economico. Le ferrovie funzionano solo a Java e Sumatra. I treni sono eterogenei: lenti, brutti ed economici o confortevoli e costosi. Conviene acquistare i biglietti un giorno in anticipo per assicurarsi un posto. Automobili, motociclette e biciclette possono essere noleggiate nelle città principali e nei centri turistici. Ci sono traghetti regolari tra le varie isole. A Kalimantan la rete stradale è poco sviluppata e i trasporti interni avvengono via fiume o in aereo. I mezzi di trasporto locale comprendono: 'bemo' (camioncini scoperti con due panche fissate lungo le fiancate), 'opelets' (minibus), 'bajaj' (risciò a motore), 'becaks' (risciò a pedali) e 'dokars' (carretti trainati da cavalli); in genere costano molto poco. Molte città hanno i taxi ma conviene accordarsi in anticipo sulla tariffa.