Oltre che nodo centrale della rete nazionale, l'aeroporto internazionale di Giacarta è anche il più trafficato dell'Indonesia. L'Indonesia vanta una delle più estese reti di traghetti e navi passeggeri del mondo e tutte le principali isole abitate sono collegate da un regolare servizio marittimo. Ketapang, nella zona orientale di Java è collegata a Gilimanuk, porto sulla costa occidentale di Bali, da un traghetto navetta; sono disponibili biglietti combinati nave/autobus per i mezzi che fanno servizio tra Yogyakarta o Surabaya e la località balinese di Denpasar. Java è collegata a diversi porti di Sumatra tramite un gran numero di navi e di traghetti (la linea Merak-Bakauheni è quella meglio servita) e non manca una buona rete di trasporti marittimi tra Giacarta e Singapore che passano per l'isola indonesiana di Tanjung Pinang.

Non c'è ragione di spostarsi in aereo all'interno di Java, a meno che non si desideri godere del panorama dall'alto degli spettacolari vulcani dell'isola. Sulle rotte interne fanno servizio diverse linee aeree, tra cui la Garuda, la compagnia di bandiera, la Merpati, la Sempati e la Bouraq. L'autobus è il mezzo di trasporto più usato per gli spostamenti tra una città e l'altra. La scelta varia da mezzi pubblici di linea lenti e sovraffollati a comodi autobus di lusso veloci e confortevoli. Per percorrere brevi distanze, strade secondarie e all'interno dei centri abitati ci si può servire di minibus che, allo stesso modo degli autobus, variano da infernali scatolette in cui si viaggia a rilento e schiacciati come acciughe a una buona rete di trasporti porta-a-porta. L'ottimo servizio ferroviario di Java copre tutta l'isola da un capo all'altro; all'estremità orientale dell'isola (Ketapang) la ferrovia è collegata con il traghetto per Bali, mentre a occidente (Merak) fa coincidenza con la nave per Sumatra. Le due principali linee ferroviarie si snodano tra Giacarta e Surabaya, una via Yogya e Solo e l'altra - più corta - via Semarang. Scegliete con cura il treno che vi serve sulla base della velocità e del comfort: ve ne sono di tutti i tipi, da quelli economici adibiti al trasporto del bestiame ai piuttosto confortevoli espressi. A Giacarta è possibile noleggiare automobili, ma tenete presente che le tariffe sono tre volte più alte rispetto a quelle dei paesi occidentali e che per destreggiarvi lungo le infernali strade di Java dovrete dar prova di una smisurata pazienza e di una capacità di concentrazione degna di un campione di scacchi. Il regolamento stradale pare essere inesistente, ma la logica cui conviene affidarsi è più o meno la seguente: guidate sulla sinistra e date strada a qualsiasi cosa più grande di voi si presenti alle vostre spalle. La soluzione migliore è richiedere alle agenzie private un'auto o un minibus con l'autista, ciò che vi costerà qualche cosa in più, ma vi ripagherà in tranquillità e sicurezza. Non ci sono problemi per affittare motociclette in tutta l'isola, ma se non siete motociclisti provetti pensateci su, perché le vostre capacità saranno messe a dura prova. Nei centri turistici si possono noleggiare biciclette adatte soprattutto a spostarsi in città, ma non a percorrere lunghe distanze e a visitare completamente l'isola.