Gli aeroporti di Tegucigalpa, San Pedro Sula e Roatán sono collegati con voli frequenti e diretti con le capitali dell'America centrale e con molte città del Nord America. La tassa d'imbarco dei voli internazionali può ammontare, in alcuni casi, a 30US$. I valichi di frontiera dell'Honduras sono aperti ogni giorno dalle 7 alle 17 o alle 18. Per entrare e uscire dal paese si deve pagare una cifra simbolica e, in qualche modo, ufficiosa, ma in genere tanto limitata che è meglio pagare, a meno che gli ufficiali non avanzino richieste eccessive. I principali valichi di frontiera sono Agua Caliente ed El Florido per entrare in Guatemala, El Amatillo ed El Poy per El Salvador ed El Espino, Guasaule e Las Manos per il Nicaragua. Le frontiere sono servite da frequenti corse di autobus, ma in genere i veicoli non attraversano il confine e si deve passare la frontiera a piedi per prendere una coincidenza dall'altra parte. Il Sentiero della giungla è un percorso che collega la località honduregna di Puerto Cortés con la città di Puerto Barrios in Guatemala. L'escursione, della durata di due giorni, non va affrontata senza un'adeguata preparazione: prendendo una guida eviterete di perdervi e, probabilmente, riuscirete ad evitare un assalto dei malviventi che notoriamente infestano la zona. I collegamenti via mare sono garantiti da traghetti che due volte alla settimana fanno rotta da Puerto Cortés a Dangriga e Belize City (Belize). Sebbene l'Honduras non sia servito da regolari linee di navigazione per passeggeri, se si paga una quota è spesso possibile avere un passaggio da un battello di pescatori o da una nave da carico. In tal caso, conviene trattare il prezzo direttamente con il capitano. Sulla costa caraibica potete trovare imbarcazioni nella zona di Puerto Cortés, di La Ceiba, di Puerto Castilla e di Tela e sulle Islas de la Bahía. Le destinazioni più frequenti delle imbarcazioni che attraccano in Honduras sono Puerto Barrios (in Guatemala), il Belize, Puerto Cabezas (in Nicaragua), le isole dei Caraibi e, negli Stati Uniti, New Orleans e Miami. Sulla costa pacifica potete provare a trovare una nave che da San Lorenzo si diriga in Nicaragua o nel Salvador. Solitamente i contratti per il noleggio di auto o motociclette non prevedono che possiate passare il confine: vi consigliamo quindi di informarvi al riguardo.

I voli interni collegano Tegucigalpa a San Pedro Sula, La Ceiba e Isleña, sull'isola di Roatán, come pure La Ceiba alle Islas de la Bahía e alla Mosquitia. E i prezzi dei biglietti sono sorprendentemente convenienti. La maggior parte delle città è servita da frequenti linee di autobus; in genere la prima corsa parte ai primi bagliori dell'alba e l'ultima nel tardo pomeriggio. Le barche sono comuni mezzi di trasporto per raggiungere le Islas de la Bahía e le località della costa caraibica, soprattutto quelle della Mosquitia, che è servita da una sola strada. Nella maggior parte delle città potete trovare dei taxi che, tuttavia, non sono dotati di tassametro, il che rende necessario negoziare una tariffa prima di salire. Nelle grandi città è possibile affittare un'auto e le strade principali presentano eccellenti condizioni di guida. Tuttavia, viaggiare in auto non è economico e, inoltre, lontano dai centri principali, a eccezione delle autostrade, le strade non sono asfaltate e possono essere molto polverose nella stagione secca e scivolose durante le piogge. Di solito non è difficile fare autostop nelle zone rurali, dove i camionisti sono abituati a dare passaggi. Per i più sportivi ed avventurosi è possibile affittare una bicicletta, sebbbene sia poco comune e sconsigliato: le strade non sono eccezionali e il rischio di venir derubati è molto alto.