A Kyoto non c'è un aeroporto internazionale o nazionale, ma l'aeroporto nazionale Itami di Osaka e l'aeroporto internazionale di Kansai (KIX) sono facilmente raggiungibili. Gli estesi servizi ferroviari giapponesi, famosi per la loro efficienza, permettono di arrivare in treno a Kyoto da qualsiasi punto del paese. Gli autobus sono più lenti, ma sono affidabili come qualsiasi altro tipo di trasporto pubblico giapponese.

Il Meishin Expressway collega Nagoya con Kōbe. Il punto di accesso migliore a Kyoto è lo svincolo Kyoto-Minami (vi lascierà sulla Rte 1, pochi chilometri a sud del centro cittadino). Kyoto è anche raggiungibile da Osaka lungo la Rte 1, Nishinomiya (distretto di Kōbe) lungo la Rte 171, dalle colline occidentali lungo la Rte 9, o da nord (Mar del Giappone) lungo la Shūzan Kaidō (Rte 162).

L'autobus notturno JR Dream Kyoto Go collega la stazione di Tokyo (Yaesu-guchi) al terminal dei bus di Kyoto. Il viaggio dura 8 ore e ci sono due partenze in entrambe le direzioni alle 22.00. I sedili sono reclinabili e si riesce a dormire agevolmente. La stessa compagnia offre anche partenze per Kanazawa e Hiroshima.

Ci sono servizi regolari di traghetto tra Kansaie e la Corea o la Cina. I traghetti nazionali notturni sono un ottimo mezzo per risparmiare tempo e i soldi per un pernottamento. Osaka e Kōbe sono i porti principali dei traghetti tra Kansai e Shikoku, Kyūshū e Okinawa. Potete prendere un traghetto anche da una delle città a nord di Kyoto, come per esempio Hokkaidō.

Kyoto si trova sulla linea Tōkaidō-San-yō Hikari dello shinkansen che raggiunge: Tokyo (2 ore e 22 minuti); Nagoya (36 minuti); Osaka (14 minuti) e Hakata (3 ore e 15 minuti). Altri stop includono Hiroshima, Okayama, Kōbe e Yokohama. Se invece dovete andare a Nara e non avete un Japan Rail Pass, la cosa migliore è la Kintetsu line a volte chiamata anche Kinki Nippon railway che collega Kyoto (Kintetsu Kyoto station) e Nara (Kintetsu Nara station). Ci sono treni diretti "parzialmente veloci" (33 minuti) e treni espressi ordinari (45 minuti), che potrebbero richiedere un cambio a Saidai-ji. La linea di Nara della JR collega Kyoto station con la JR Nara station (46 minuti) ma le partenze sono poche e rade. Il treno più veloce fra Kyoto station e Osaka oltre allo shinkansen, è il JR shinkaisoku, che ci mette 29 minuti. A Osaka, il treno si ferma sia alla stazione Shin-Osaka che alla Osaka. Se la vostra destinazione è Tokyo, lo shinkansen ha la linea più veloce e più frequentata. Il viaggio si può affrontare anche con un treno express della JR ma ricordatevi che ci vorranno più o meno 8 ore e almeno due/tre/quattro cambi. Quando comprate il biglietto, ricordatevi di chiedere di scrivervi tutti i cambi e i nomi delle stazioni.

Costruito su un'isola artificiale e inaugurato nel 1994, l'aeroporto internazionale del Kansai (KIX) rappresenta oggi il principale punto di approdo per molti visitatori del Giappone. Con oltre 690 partenze settimanali, gestisce voli per 76 città e 32 paesi mondiali ed è più probabile che si riesca ad arrivare con un volo diretto all'aeroporto KIX piuttosto che sul Narita di Tokyo, da dove proseguire poi per Kyoto (via terra o con un volo in coincidenza sul vicino aeroporto internazionale di Osaka, meglio conosciuto come Itami).Dall'aeroporto di Itami ci sono frequenti voli per/da Tokyo (circa 70 minuti di volo) ma, a meno di essere particolarmente fortunati con le coincidenze, troverete più conveniente e meno costoso lo shinkansen ('treno pallottola'). Il viaggio da KIX a Kyoto può essere abbastanza caro e dispendioso in termini di tempo; se dovete spostarvi in aereo all'interno del paese e potete scegliere, cercate sempre di fare capo all'aeroporto di Itami.

La zona centrale di Kyoto segue uno schema logico ed è facile da girare con i trasporti pubblici, in bicicletta o a piedi. La rete dei servizi di autobus è particolarmente complessa, ma i prezzi sono abbordabili e molti dei percorsi più battuti dai turisti hanno annunci in inglese. Kyoto può contare inoltre su due efficienti linee di metropolitana, in servizio dalle 5.30 alle 23.30 .Spostarsi in macchina è meno allettante: a causa del traffico intenso, è quasi sempre meglio spostarsi in bicicletta o con un mezzo di trasporto.Kyoto è una città ideale da esplorare in bicicletta; è quasi completamente piatta e c'è una nuova pista ciclabile che corre lungo Kamo-gawa.Il modo migliore per visitare la città è di spostarsi a piedi: in tal modo ridurrete drasticamente i costi legati agli spostamenti in auto e ai parcheggi e avrete anche la possibilità di fare un giro per le stradine secondarie e di assaporare l'autentica atmosfera della vecchia Kyoto.

Il modo più veloce per spostarsi tra il nord e il sud di Kyoto è con la metropolitana Karasuma. La linea ha 15 fermate, con partenza da Takeda all'estremità meridionale e arrivo, attraverso la stazione di Kyoto, alla Kyoto International Conference Hall (stazione Kokusaikaikan) all'estremità settentrionale.La linea della metropolitana Tōzai, che corre da est a ovest, attraversa Kyoto dalla stazione di Nijō, a ovest, incrociandosi con la linea Karasuma alla stazione Karasuma-Oike, per poi proseguire in direzione est fino a Sanjō Keihan, Yamashina e Rokujizō, a est e sud-est.

Se proprio non ne potete fare a meno, toglietevi dalla testa l'idea di noleggiare un'auto per girare la città - la cosa vi procurerebbe solo un forte mal di testa e un esborso notevole a fronte dei possibili vantaggi (senza dimenticare le tariffe salate dei parcheggi). L'automobile può comunque rappresentare la soluzione più pratica per spostarsi in alcune delle zone rurali circostanti; ricordatevi che in Giappone si guida a sinistra.

I vantaggi di spostarsi in bicicletta per Kyoto sono evidenti, ma bisogna anche tenere presente che la città offre pessime strutture per il loro parcheggio e molte biciclette finiscono per essere rubate o rimosse durante uno dei tanti controlli (soprattutto in prossimità degli ingressi delle stazione ferroviarie o della metropolitana). Anche i posteggi delle bici sono a pagamento.

Kyoto è servita da una rete capillare di autobus urbani che garantisce spostamenti rapidi a costi moderati. Molte linee urbane utilizzate dai turisti stranieri riportano le diciture anche in inglese.L'orario di servizio degli autobus va dalle 7 alle 21, ma vi è qualche corsa anche prima o dopo.I principali terminal degli autobus sono presso la Stazione di Kyoto per le linee JR e Kintetsu, Sanjō Station per la linea Keihan, Stazione di Karasuma-Shijō per le linee Hankyū e Karasuma, e Stazione di Kitaōji per la linea Karasuma. Il terminal degli autobus presso la Stazione di Kyoto si trova sul lato nord dell'edificio e si compone di tre banchine principali per le partenze (i punti di partenza sono indicati dalla lettera della banchina e dal numero della palina del bus all'interno della banchina). Prendere una Kyoto Transportation Guide presso il TIC (tourist information center) è una buona soluzione perchè riporta le linee principali dei bus, con una dettagliata spiegazione in giapponese/inglese. Sui bus l'ingresso è generalmente dietro e si scende davanti; su quelli che portano in periferia si sale e si prende un biglietto; quando scenderete un display elettronico vi dirà quanto dovrete pagare. Per risparmiare sono disponibili molti biglietti multipli scontati e tessere illimitate per uno o più giorni; per informazioni l'ufficio preposto è di fronte alla stazione di Kyoto.