L'aeroporto internazionale Comalapa si trova 44km a sud-est della città di San Salvador. La compagnia aerea nazionale è la Taca, ma anche altre compagnie aeree effettuano voli sul paese: American, United, Continental, Copa e Delta. Per raggiungere la capitale dall'aeroporto ci vogliono 45 minuti: prendete un taxi o un colectivo. Da San Salvador, Santa Ana e San Miguel partono autobus diretti a Tegucigalpa, città principale dell'Honduras, e Città del Guatemala, capitale dello stato omonimo. Per attraversare la frontiera con il Guatemala potete scegliere tra Anguiatú, Las Chinamas, La Hachadura e San Cristóbal; i valichi principali di frontiera con l'Honduras sono El Amatillo e El Poy. Se decidete di prendere un autobus per recarvi nei paesi limitrofi, vi consigliamo di scegliere quelli di prima classe: il viaggio sarà più confortevole e sicuro (vi sono verificati episodi di rapine a bus di seconda classe).

Non vi è un regolare servizio di voli interni considerato che El Salvador non è un paese molto esteso. Sono sufficienti poche ore per raggiungere qualsiasi città partendo dalla capitale in autobus o in automobile. Il servizio di autobus è ottimo: anche se spesso i mezzi di trasporto sono affollati, gli autobus sono estremamente convenienti ed effettuano corse regolari. Esistono due tipi di servizio il directo (seconda classe) e lo special (prima classe): il secondo offre aria condizionata, servizi igienici e addirittura televisore. La maggior parte delle città di El Salvador offrono un servizio di taxi, e le tariffe sono trattabili. Sia all'aeroporto sia a San Salvador è possibile trovare agenzie per il noleggio di un'automobile (il traffico scorre sulla destra), ma non bisogna dimenticare che le strade sono raramente asfaltate. I furti delle auto e le aggressioni ai conducenti non sono un fenomeno sconosciuto, anche se è molto più facile che vi capiti di cadere vittime dello stravagante stile di guida dei locali e degli animali che spesso pascolano lungo le strade.