I voli diretti provenienti dall'Europa, da città non europee e da altre isole situate nelle vicinanze atterrano a Moroni, sull'isola di Gran Comore, o a Mayotte. Dal punto di vista giuridico Mayotte non fa parte delle isole Comore e, nonostante la vicinanza geografica, la sua distanza politica e sociale non ne fa un buon punto di partenza per raggiungere le altre isole dell'arcipelago. Air France e Air Madagascar volano 3/4 volte a settimana fra Paris e Antananarivo. Talvolta si riescono a trovare cuccette libere sulle navi dirette dall'Africa continentale al Madagascar: vi lasceranno o su Gran Comore o su Anjouan. Tuttavia, questo tipo di viaggio richiede serietà e pazienza in quanto non esistono battelli di linea per i turisti che intendano raggiungere le Comore via mare dall'Africa continentale. Portatevi le pastiglie contro il mal di mare.

L'aeroporto di Moroni, Hahaya, si trova 19 km a nord del centro città. Dopo aver pagato il visto, ottenibile sul posto, potete raggiungere il centro in taxi, anche se la mancanza di uffici di cambio presso l'aeroporto farà lievitare enormemente le tariffe. A Mayotte gli aerei atterrano a Petite Terre (Pamandzi); questo significa che per raggiungere Grand Terre dovrete prendere un taxi collettivo fino al terminal dei traghetti, situato a Dzaoudzi, e poi prenderne un altro o andare a piedi fino al vostro albergo una volta scesi dal traghetto. Tutte le isole dell'arcipelago dispongono di taxi-brousse, ma la frequenza e l'efficacia del servizio varia da un posto all'altro. I taxi collettivi sono comuni nelle zone densamente popolate, ma scarseggiano nei villaggi più isolati. Le automobili si possono noleggiare solo sull'isola di Gran Comore, la più grande, ma per la maggior parte dei turisti è comunque più comodo e conveniente fermare con un cenno un taxi-brousse. Gli spostamenti da un'isola all'altra si possono effettuare in aereo, con la sola eccezione di Mayotte, dove i voli interni sono stati soppressi nel tentativo di ridurre il numero di immigrati illegali provenienti dalle Comore. Le quattro isole dell'arcipelago delle Comore sono collegate tra loro da innumerevoli rotte marittime: prendere una barca o un traghetto è in genere il modo più semplice ed economico per spostarsi da un'isola all'altra.