Bonaire si raggiunge facilmente dai Paesi Bassi: l'ALM e la KLM offrono più voli settimanali da Amsterdam. Dagli Stati Uniti, l'America Airlines collega New York e Aruba, da dove parte una coincidenza della Air Aruba per Bonaire. L'Air Aruba e l'ALM dispongono di collegamenti con Newark, Atlanta e Miami. Dal Sud America ci sono voli diretti da Caracas, e nella zona Bonaire è collegata con Curaçao, Aruba, la Giamaica e St Maarten. Non esiste un servizio regolare di traghetti per l'isola.

Dato che Bonaire non dispone di trasporti pubblici eccezionali, la soluzione migliore è noleggiare un'automobile, anche perché vi sono molte agenzie di noleggio. Le patenti di guida europee, statunitensi e canadesi sono valide ma è necessario avere più di 21 anni. I cittadini italiani dovranno procurarsi una traduzione giurata in lingua olandese della propria patente di guida. Si guida a destra ma bisogna fare attenzione alle capre e agli asini che non hanno la patente e girano per le strade. Una buona alternativa è quella di muoversi sui molti taxi a tariffa fissa, soprattutto se desiderate una visita guidata dell'isola. A Kralendijk si possono noleggiare biciclette. Il Flamingo Airport di Bonaire si trova 5 km a sud della capitale, a cui è collegato da taxi.