La teoria più accreditata sulla storia dei micronesiani sostiene che i primi abitanti arrivarono in canoa dalle Filippine e dall'Indonesia, fermando le loro imbarcazioni sulla sabbia di Yap tra il 4000 e il 2000 a.C.

Più tardi, i navigatori della Melanesia tracciarono le loro rotte da Kosrae a Pohnpei, Chuuk e Yap.

Abbastanza curioso è che nessun micronesiano conosca leggende circa la vita precedente al loro arrivo sulle isole. I primi Micronesiani non conoscevano i metalli, lavoravano principalmente la pietra e molte imponenti sculture sono state lasciate da antiche civiltà. Erano inoltre eccellenti navigatori dell'oceano e possedevano un ricco patrimonio storico tramandato oralmente che è andato però quasi completamente distrutto dalle invasioni europee.

Nel 1521 Ferdinando Magellano passò in Micronesia durante il suo viaggio intorno al mondo, e nei decenni successivi le isole furono usate come porto di scalo dalle spedizioni europee durante i viaggi sulla Via delle Spezie. Ma a causa dello scarso livello di ricchezza che le isole avevano rispetto all'Europa, in quel periodo non attirarono molto l'attenzione. Fu solo dopo il 1817 che si cominciò seriamente a tracciare una carta geografica della Micronesia. In questo periodo cominciarono ad arrivare i cacciatori di balene britannici, presto seguiti da quelli americani. Gli equipaggi delle baleniere, uomini non proprio per bene, spesso aggredivano e uccidevano i pacifici isolani costringendoli a loro volta a difendersi con la stessa violenza. I cacciatori di balene portarono anche malattie veneree e altre malattie come l'influenza e il morbillo. Nel 1854 un'epidemia di vaiolo uccise il 50% della popolazione di Pohnpei. Durante il periodo della caccia alle balene la popolazione di Kosrae si ridusse da 6000 a 300 abitanti.

Alle baleniere seguirono i missionari protestanti che insieme alla religione imposero l'abbigliamento, la lingua e le leggi occidentali. Nel 1899 la Germania acquistò le isole dagli spagnoli con lo scopo di farne un importante e proficuo centro di produzione della polpa di cocco.

I micronesiani furono costretti a piantare palme da cocco e a lavorare per i nuovi colonizzatori. Alcuni furono trasportati con la forza dalle loro isole alle piantagioni, mentre la terra posseduta collettivamente veniva espropriata e consegnata agli investitori privati.

Quando cominciò la prima guerra mondiale, la Germania abbandonò la Micronesia e i non lontani giapponesi ne approfittarono: svilupparono le infrastrutture e l'amministrazione necessarie ad annettere la Micronesia, e nel 1920 ottennero un mandato sulle isole dalla Società delle Nazioni. I giapponesi mirarono a fare della Micronesia uno specchio della loro terra natia, costruendo templi buddisti e shintoisti, case d'appuntamento e bagni pubblici. I centri amministrativi furono edificati come piccole Tokyo. Con il tempo i giapponesi superarono in numero i micronesiani, le infrastrutture sociali delle isole divennero strumenti per i loro bisogni e i micronesiani furono considerati cittadini di seconda classe. Nonostante il pesante sfruttamento dei giapponesi, il potere coloniale creò un'economia forte e un'attività agricola di alto livello.

Il 7 dicembre del 1941 il Giappone bombardò Pearl Harbor, prendendo possesso anche dell'isola di Guam, appena a nord della Micronesia. Fu solo nel febbraio del 1944 che gli Stati Uniti reagirono con un attacco sulla laguna di Chuuk, la più importante base della flotta giapponese nel Pacifico centrale. In due giorni furono sganciate più di 200.000 tonnellate di esplosivi che neutralizzarono la base. Nei mesi successivi si susseguirono duri combattimenti in Micronesia e sulle isole circostanti; in particolare alcune feroci e lunghe battaglie furono combattute nelle Marianne, al nord, e a Palau, a ovest. La guerra distrusse quasi tutte le infrastrutture costruite dai giapponesi e una gran parte dei micronesiani morì nel conflitto. Ma questo particolare la storia tende a ignorarlo.

A fine guerra l'occupazione continuò e gli americani presero il posto dei giapponesi. La marina statunitense assunse il comando delle isole e le difese da possibili invasioni. Gli yankies avevano già progetti per la Micronesia: le Isole Marshall, vicine alla Micronesia orientale, furono infatti usate per i loro esperimenti nucleari.

Tra il 1946 e il 1958 furono fatte esplodere sulle isole ben 66 bombe atomiche, mettendo in gioco il patrimonio genetico delle popolazioni locali.

Nel 1947 le Nazioni Unite istituirono un territorio ad amministrazione fiduciaria nel Pacifico, includendovi Chuuk, Kosrae, Pohnpei e Yap. Gli Stati Uniti ottennero il controllo amministrativo sulle isole e vi installarono una serie di basi militari per impedire a qualsiasi altro paese di fare la stessa cosa. Durante tutto questo periodo la Micronesia rimase sotto il controllo militare degli Stati Uniti.

L'America tentò di educare i micronesiani a una forma di autogoverno, ma questi ultimi preferirono rimanere in una condizione di sudditanza dimostrando scarso interesse per l'attività politica. L'economia, completamente assoggettata al governo e al flusso di denaro proveniente dagli Stati Uniti, non ebbe alcuno sviluppo né industriale né agricolo. Nel 1965 l'America accettò di formare il Congresso della Micronesia, un corpo eletto dagli isolani per determinare il futuro delle isole, anche se il controllo esecutivo rimase all'Alta Commissione degli Stati Uniti.

E, per evitare qualsiasi sorpresa, la CIA si infiltrò negli uffici del Congresso.

L'arrivo nel 1966 dei volontari di Peace Corps, un gruppo di giovani idealisti, non aiutò la causa degli Stati Uniti. Benchè questi ultimi credessero di diffondere le meraviglie della società americana, finirono con l'istruire i micronesiani sui loro diritti legali e sociali, facendo nascere importanti movimenti per l'indipendenza.

Nel luglio del 1978, Chuuk, Kosrae, Pohnpei e Yap votarono per costituire una libera associazione, e nel maggio 1979 le isole divennero gli Stati Federati di Micronesia (FSM). A seguito di un patto siglato con gli Stati Uniti nel 1982, rinegoziabile ogni 15 anni, la Micronesia accettò di lasciare sotto il controllo degli Stati Uniti le proprie relazioni estere e di concedere agli americani l'esclusivo accesso militare alle isole. In cambio, gli Stati Uniti garantirono investimenti annuali e assistenza finanziaria. Il patto fu ufficialmente sancito nel 1986 e di lì a poco l'amministrazione americana lasciò spazio al governo indipendente. Nel 1991 gli Stati Federati di Micronesia furono ammessi alle Nazioni Unite. Nel 1997 il presidente Bailey Olter fu colto da malore e gli succedette il vice presidente Jacob Nena. Nel mese di maggio 1999 Leo Falcam è stato eletto presidente con un incarico di due anni.

Recentemente, gli Stati Federati di Micronesia hanno esplorato nuove strategie per aumentare gli introiti. Le attuali fonti di ricchezza sono le licenze per la pesca, la vendita del proprio dominio in Internet (.fm) alle stazioni radio e la produzione di 'sakau' (una bevanda narcotica prodotta con le radici degli arbusti di pepe).

Due tifoni di grave entità si sono abbattuti sulla Federazione della Micronesia rispettivamente nel 2002 e nel 2004 e hanno causato ingenti danni sia alle cose sia alle persone.