La Scozia fu inizialmente abitata da cacciatori, provenienti dall'Inghilterra, dall'Irlanda e dall'Europa continentale, che segnarono l'inizio del neolitico, circa 6000 anni fa, introducendo l'agricoltura, l'allevamento di bestiame, il commercio e una società strutturata. L'alto grado di civiltà raggiunto è testimoniato dalle tombe, dai monumenti in pietra e dall'architettura civile, reperti rinvenuti in varie parti della Scozia, soprattutto nelle isole Orcadi. In seguito arrivarono i Beaker ('popolo delle coppe', così chiamati perché seppellivano oggetti in terracotta insieme ai defunti), che introdussero il bronzo e varie armi, e i Celti, che portarono il ferro. I Romani non riuscirono mai a sottomettere i fieri abitanti di questa regione e il loro fallimento è simboleggiato dalla costruzione del Vallo di Adriano. Il Cristianesimo fu introdotto da San Niniano, che istituì la prima comunità religiosa nel 397. Il missionario irlandese San Colombano nel 563 fondò un centro paleocristiano a Iona, che è ancora oggi una meta di pellegrinaggio e un luogo di ritiro spirituale.

Intorno al VII secolo la Scozia era abitata da diversi gruppi in continua opposizione: la società matriarcale dei Pitti e gli Scoti di lingua gaelica nel nord, i Norreni sulle isole, i Britanni e gli Anglo-sassoni nelle Lowlands. Nel IX secolo gli Scoti avevano già sottomesso i Pitti, dei quali oggi rimane una serie di monoliti nella Scozia orientale. A sud cominciò a diffondersi il feudalesimo anglo-normanno; all'inizio del XIII secolo un erudito inglese, Walter of Coventry, notava che la corte scozzese era 'francese di razza e di maniere, di lingua e di cultura'. Le sporadiche ma cruente insurrezioni degli abitanti delle Lowlands non arrestarono il graduale processo di fusione e di integrazione con il sistema feudale e venne così a crearsi una società basata su potenti clan familiari.

Nelle Highlands, tuttavia, la situazione era diversa. Nel 1297 l'esercito di William Wallace sconfisse gli Inglesi nella battaglia di Stirling Bridge, ma dopo alcuni altri scontri Wallace fu tradito e nel 1305 fu giustiziato dagli Inglesi a Londra. Wallace è ancora oggi ricordato come patriota ed eroe della resistenza.

Robert the Bruce, un anno dopo la triste fine di Wallace, compì un passo decisivo per l'indipendenza della Scozia, quando uccise un rivale e si fece incoronare re di Scozia; nel corso di quello stesso anno affrontò gli inglesi, che però sconfissero i suoi uomini a Methven e a Dalry. Solo nel 1314, nella battaglia di Bannockburn, Robert riuscì a battere gli Inglesi. Questo evento segnò una svolta nella storia dell'indipendenza scozzese, in quanto la Scozia rimase relativamente autonoma per altri 600 anni. Le Highlands e le Lowlands seguirono due strade diverse; le due regioni, separate dalla linea immaginaria che unisce Fort William e Inverness, si differenziarono: nelle Highlands si parlava gaelico e si continuò a condurre una vita rurale e tradizionale; nelle Lowlands, invece, si parlava lallans e si sviluppò una cultura urbana.

La dinastia reale scozzese nel XVI secolo fu messa in difficoltà dagli opposti princìpi di discendenza maschile e femminile e dai giochi d'interesse degli Inglesi e dei Francesi. La strenua resistenza agli Inglesi e le ininterrotte controversie monarchiche condussero a una sorta di guerra civile e a continue tensioni, tanto che furono pochissimi i reali che morirono di morte naturale. Anche il VXII secolo fu caratterizzato dalla guerra civile, fomentata dalla questione spinosa della Riforma in ambito religioso. Nonostante l'inestirpabile sentimento anti-inglese, gli Scozzesi accettarono l'unione di fatto con la corona inglese e nel 1707 firmarono - convinti con le buone o imbrogliati che fossero - l'Act of Union, in cambio di garanzie per la chiesa scozzese e per il mantenimento del sistema giudiziario scozzese.

Come è noto, si tentò in più modi di sostituire gli Hannover d'Inghilterra con gli Stuart di Scozia, ma la causa giacobita non trovò appoggio nelle Lowlands, perché si vedeva come una minaccia il cattolicesimo che portava con sé. Giacomo Edoardo Stuart, noto come l'Old Pretender, figlio dell'esiliato re inglese Giacomo VII, cercò più volte di riconquistare il trono, finché nel 1719 non riparò in Francia. Nel 1745 suo figlio Carlo Edoardo Stuart (meglio conosciuto come Bonnie Prince Charlie) sbarcò in Scozia e chiese che fosse riconosciuta la corona a suo padre. La sua disastrosa sconfitta a Culloden spinse il governo a vietare gli eserciti privati, il kilt e la cornamusa. In seguito, gli inesorabili cambiamenti causati dalla rivoluzione industriale contribuirono, insieme ai divieti, a far morire per sempre la tradizionale cultura delle Highlands.

Nel sud, grazie alla rivoluzione industriale si svilupparono ricche città e crebbe la popolazione. La diffusione della vita urbana coincise con il rifiorire della letteratura e di altre attività intellettuali, cioè con l'Illuminismo scozzese, anche perché le energie che in precedenze erano dedicate alla vita religiosa, furono convogliate verso le attività economiche e i divertimenti. Per i privilegiati aumentò il tenore di vita, mentre i poveri, diventati ancora più poveri, vivevano ammassati in luoghi malsani e furono decimati da malattie infettive. In seguito le città si affollarono ulteriormente, a causa di uno degli eventi più tristi della tormentata storia scozzese: i Clearances (gli 'sgomberi') delle Highlands, che ebbero inizio alla fine del XVIII secolo e continuarono per altri cent'anni. I proprietari terrieri espulsero la gente dalle campagne, per fronteggiare i problemi provocati dalla sovrappopolazione, dalla carestia e dal crollo dell'industria del kelp (lavorazione delle alghe). Ondate di Scozzesi furono costrette a riversarsi in Nord America, in Nuova Zelanda e in Australia, dove si diffuse la loro reputazione di gente parsimoniosa e laboriosa. I pochi rimasti nelle campagne furono confinati in piccoli appezzamenti chiamati 'croft'.

L'industria prosperò fino alla prima guerra mondiale, ma la depressione degli anni '30 ebbe effetti disastrosi anche in Scozia. Solamente Aberdeen riuscì a mantenere un alto livello economico per tutto il XX secolo, anche grazie al petrolio del Mare del Nord e ai giacimenti di gas scoperti negli anni '70. Le difficoltà economiche, il crescente tasso di disoccupazione, lo spopolamento delle zone rurali e standard di vita e di istruzione più bassi che in Inghilterra hanno portato a un generalizzato sentimento di precarietà e insicurezza. Mai come in questi anni si è radicato il sogno di secessione. Profondamente laburista, la Scozia ha mal sopportato il disinteresse della politica conservatrice inglese degli anni '80 e '90. La vittoria dei Laburisti del 1997 ha determinato la scomparsa di tutti i seggi conservatori scozzesi e la nascita di un Parlamento scozzese, eletto nel maggio 1999. Il nuovo governo laburista ha già accordato alla Scozia alcune garanzie di autonomia amministrativa; il sogno di una Scozia indipendente non sembra più così lontano.

Nel febbraio 2002 il parlamento scozzese ha approvato una legge che mette al bando la caccia alla volpe con i cani. Chi contravverrà al divieto rischierà pesanti multe o sei mesi di detenzione.

Nel novembre 2003 un nuovo parlamento è stato inaugurato a Holyrood in Edimburgo. Negli ultimi anni, il governo di Londra ha avviato un parziale processo di devolution nei confronti della Scozia. I più romantici hanno ripreso a sognare l'idea di una nazione scozzese indipendente.