La Repubblica slovacca si trova nel cuore dell'Europa, a cavallo dell'estremità nordoccidentale dei Carpazi, e forma una barriera fisica tra le pianure della Polonia a nord e quelle dell'Ungheria a sud. La spettacolare catena alpina degli Alti Tatra corre lungo il confine nordorientale con la Polonia. Il monte Gerlachovsk (2655 m) è la vetta più alta. Sebbene quasi l'80% della Repubblica slovacca si trovi oltre 750 m sopra il livello del mare, la parte a sud di Nitra è una fertile pianura che estendendosi fino al Danubio costituisce il confine naturale con l'Ungheria. La Repubblica slovacca confina anche con la Repubblica ceca a nord-ovest, l'Austria a sud-ovest e l'Ucraina a est.

Le foreste, formate prevalentemente da faggi e abeti rossi, coprono circa il 40% del paese, malgrado secoli di disboscamento. Gli animali selvatici più diffusi sono orsi, lupi, linci, marmotte, camosci, lontre e visoni, che vivono negli Alti Tatra. I parchi nazionali che non si trovano nei Tatra ospitano gran parte di questi animali, ma in quantità limitate. Nelle zone rurali si possono avvistare cervi, fagiani, pernici, anatre, oche selvatiche, cicogne, galli cedroni, aquile e avvoltoi. La campagna slovacca non è inquinata come quella di altri paesi europei, sebbene nelle città più grandi, che hanno avuto una rapida industrializzazione dopo la seconda guerra mondiale, la situazione sia meno rosea.

L'umido clima continentale che caratterizza gran parte della Repubblica slovacca porta estati calde e piovose, inverni freddi e nevosi, e condizioni meteorologiche tendenzialmente variabili. Luglio è il mese più caldo, gennaio il più freddo. Da dicembre a febbraio le temperature scendono sotto zero anche nei bassipiani e sono molto rigide nelle montagne. Non esiste una vera 'stagione secca' e i lunghi periodi caldi e soleggiati dell'estate tendono a essere interrotti da improvvisi rovesci temporaleschi. In inverno ci sono da 40 a 100 giorni di neve nelle pianure (130 in montagna) e una fitta nebbia nelle zone più basse.