Gran parte della Macedonia è costituita da un immenso altopiano di altitudine compresa fra i 600 e i 900 m. Il corso del Fiume Vardar divide il paese a metà, bagnando la capitale, Skopje, per poi proseguire verso il Mar Egeo dove sfocia vicino a Salonicco, in Grecia. Le acque dei laghi di Ohrid e Prespa, a sud-ovest, defluiscono nel Mar Adriatico attraverso emissari che percorrono l'Albania. Questi laghi sono fra i più grandi della penisola balcanica e il Lago di Ohrid è in assoluto il più profondo. A nord-ovest, il rilievo del Sar Planina segna il confine fra Macedonia e Kosovo; la cima più alta di questa catena è il Titov Vrh (2750 m). I tre parchi nazionali presenti nel paese sono Pelister (a ovest di Bitola), Galicica (fra il Lago di Ohrid e il Lago Prespa) e Mavrovo (fra Ohrid e Tetovo).

Le estati in Macedonia sono caldissime e secche. In inverno i venti tiepidi provenienti dall'Egeo, risalendo la Piana del Vardar, temperano il clima continentale caratteristico del nord inoltrato. Sebbene le temperature invernali in Macedonia siano relativamente miti, fra novembre e febbraio vi sono abbondanti precipitazioni nevose.