Secoli di lotte per mantenere la propria identità e raggiungere l'indipendenza sono la caratteristica principale della storia estone. Gli insediamenti umani nella zona risalgono al 7500 a.C., ma i primi antenati degli attuali abitanti furono cacciatori ugro-finnici che arrivarono nella zona probabilmente tra il 3000 e il 2000 a.C.

La regione entrò nella storia a causa del cosiddetto Drang nach Osten (la spinta verso l'est) dei principi, dei colonizzatori e dei commercianti germanici nel XIII secolo, con il quale l'Estonia cadde quasi subito in mani straniere: un periodo oscuro della storia che sarebbe durato ben 700 anni.

La battaglia per riemergere come nazione indipendente sembrava ormai vinta nel 1920, quando l'Unione Sovietica firmò un trattato di pace con la repubblica parlamentare estone, riconoscendone l'indipendenza. Tuttavia, stretta tra l'emergente Unione Sovietica e le mire espansionistiche della Germania nazista, l'Estonia passò presto dalla democrazia a un regime autoritario e il primo ministro Konstantin Päts divenne dittatore nel 1934.

Il patto di non aggressione firmato da nazisti e sovietici nel 1939 pose l'Estonia nell'area di influenza sovietica: le autorità sovietiche si diedero a epurazioni che provocarono la morte, la deportazione e l'allontanamento di 60.000 estoni. Proprio per questo motivo alcuni estoni videro (erroneamente) Adolf Hitler come un liberatore quando questi nel 1941 invase l'Unione Sovietica e occupò gli stati baltici.

Durante la seconda guerra mondiale l'Estonia perse circa 200.000 abitanti, oltre alla sua indipendenza. La rioccupazione sovietica del 1944 portò a un periodo di stalinismo caratterizzato dalla collettivizzazione dell'agricoltura e dall'uccisione e deportazione di migliaia di estoni.

Tuttavia, durante i decenni di occupazione, gli estoni non persero mai la speranza di riconquistare la propria libertà. Alla fine degli anni '80 Mikhail Gorbaciov alimentò le loro speranze e un misto di risentimento e sentimenti nazionali confluirono nel desiderio estone di autogoverno. Nel 1988 una folla enorme riunì in Estonia per cantare canzoni nazionali che in passato erano proibite in quella che è comunemente nota come la 'Rivoluzione del Canto'. A Tallinn erano circa 300.000 le persone che parteciparono all'evento.

Nel novembre del 1988 il soviet supremo estone approvò una dichiarazione di sovranità; nell'agosto 1989 due milioni di persone formarono una catena umana che si snodava da Tallinn alla capitale lituana, Vilnius; molte di queste persone chiedevano la secessione. Nell'agosto del 1991 l'Estonia dichiarò l'indipendenza e il mese seguente il paese entrò nell'ONU, cominciando a rafforzare la propria ritrovata libertà.

All'apertura del vertice della NATO a Praga, il 21 novembre 2002, i leader dei diciannove paesi membri hanno formalmente invitato a entrare, entro il 2004, nell'Alleanza Atlantica sette paesi che in passato appartennero alla cosiddetta 'cortina di ferro': Bulgaria, Estonia, Lettonia, Lituania, Repubblica slovacca, Romania, Slovenia. L'Estonia, insieme alla Lettonia e alla Lituania, è membro effettivo della NATO dal 29 marzo 2004.

Con una percentuale prossima al 70%, nella consultazione referendaria del settembre 2003, gli estoni si sono espressi a favore dell'ingresso nell'Unione Europea. E infatti dal primo maggio 2004 l'Estonia, insieme ad altri nove paesi (Repubblica ceca, Cipro, Ungheria, Lettonia, Lituania, Malta, Polonia, Repubblica slovacca, Slovenia), è a tutti gli effetti membro dell'Unione Europea.

L'appuntamento con le elezioni per il rinnovo del Parlamento europeo ha smorzato gli entusiasmi dei tre partiti che formano la coalizione al governo: il Partito di centro ha ottenuto il 17,5%, mentre il Partito riformista e l'Unione propatria si sono accontentati rispettivamente del 12,2% e del 10,5% delle preferenze. Tuttavia gli elettori hanno premiato il Partito socialdemocratico all'opposizione con un significativo 36,8%.