I primi abitanti della zona furono gli illiri, seguiti dai romani che si insediarono vicino alle sorgenti minerali nei pressi di Sarajevo. Nel 395 d.C., anno della divisione dell'impero romano, il fiume Drina (che adesso segna il confine tra la Bosnia-Erzegovina e la Serbia) divenne la linea di separazione tra l'impero romano d'Occidente e d'Oriente. Nel VII secolo giunsero in zona le popolazioni slave. Separatasi o comunque distintasi ben presto dalla Serbia, la Bosnia si configurò come entità politica vassalla di Bisanzio, poi dell'Ungheria, finché costituì un proprio stato che raggiunse la massima espansione e potenza nel XIV secolo. I primi attacchi turchi risalgono al 1383, e nel giro di un secolo la Bosnia divenne una provincia turca con capitale Sarajevo.

Durante i 400 anni di dominazione turca la Bosnia fu del tutto assimilata, e i popoli che vi vivevano (i croati cattolici e i serbi ortodossi) abbandonarono il cristianesimo e si convertirono all'Islam. Il paese divenne quindi zona di frontiera tra il mondo cristiano e quello musulmano. Quando nei secoli XVI e XVII l'impero ottomano cominciò a indebolirsi, i turchi rafforzarono il loro controllo sulla Bosnia-Erzegovina, baluardo dell'impero. A metà del XIX secolo i movimenti nazionalisti ripresero vigore tra gli slavi del sud, che si sollevarono contro la Turchia costringendola, con l'aiuto della Russia, a cedere il territorio. Il Congresso di Berlino del 1878 decretò l'affidamento di tutta l'area all'amministrazione austriaca.

Il risentimento per la nuova occupazione straniera divenne ancora più forte nel 1908, quando l'Austria tramutò l'affidamento in annessione all'impero asburgico. L'assassinio dell'arciduca Francesco Ferdinando commesso da un serbo bosniaco nel 1914 portò l'Austria a dichiarare guerra alla Serbia. La Russia entrò in guerra in difesa della Serbia, la Germania appoggiò l'Austria e in breve il mondo intero fu coinvolto nel conflitto.

Dopo la prima guerra mondiale la Bosnia-Erzegovina fu annessa al regno di Iugoslavia e nel 1941 alla Croazia fascista. Il governo fantoccio croato massacrò centinaia di migliaia di serbi durante la guerra, procedendo a una vera e propria 'pulizia etnica'. Con l'appoggio delle truppe russe e inglesi, le forze nazionaliste iugoslave sotto il comando di Josip Broz Tito riuscirono nel 1944 a liberare il paese dall'occupazione tedesca, e alla fine della guerra la Bosnia-Erzegovina ottenne lo statuto di repubblica all'interno della Iugoslavia. Nel 1948, il leader sovietico Josef Stalin propose l'unione della Iugoslavia con la Bulgaria, ma Tito si oppose e il suo regime, pur comunista, si trovò fuori dall'orbita sovietica. Nei 40 anni seguenti Tito e i suoi successori si impegnarono a reprimere i disordini etnici e a difendere l'integrità della Repubblica Iugoslava - Serbia, Bosnia-Erzegovina, Croazia, Slovenia e Montenegro.

Alle prime elezioni libere della repubblica nel 1990, i comunisti furono ampiamente sconfitti dai partiti nazionalisti serbo e croato, che rappresentavano le rispettive comunità, e dal forte partito musulmano favorevole a una Bosnia-Erzegovina multietnica. I partiti musulmano e croato si allearono contro i nazionalisti serbi, e il 15 ottobre 1991 dichiararono l'indipendenza del paese dalla Iugoslavia, provocando le dimissioni dei parlamentari serbi che crearono un proprio parlamento. Quando la Bosnia-Erzegovina ottenne il riconoscimento internazionale e fu frettolosamente ammessa all'ONU, il dialogo tra le due partì si interruppe.

Anche se la presidenza musulmana della Bosnia-Erzegovina garantiva i diritti dei serbi, il governo di Belgrado spinse gli estremisti serbi a difendere i serbi bosniaci dal 'genocidio'. Nell'aprile del 1992 scoppiò la guerra civile, poco dopo che a Sarajevo i cecchini serbi avevano sparato contro civili disarmati durante una manifestazione a favore della pace.

I serbi cominciarono le operazioni di 'pulizia etnica', espellendo con la forza la popolazione musulmana dalla Bosnia settentrionale e orientale per creare un corridoio di 300 km tra le zone di etnia serba della Bosnia occidentale e la Serbia. Interi paesi furono terrorizzati, saccheggiati e spesso rasi al suolo per impedire agli abitanti di ritornare, e chi si rifiutava di partire veniva ucciso. In seguito durante la guerra entrambe le fazioni utilizzarono la stessa tattica per sterminare il nemico.

Nel frattempo, deterioratasi anche l'alleanza precaria tra musulmani e croati bosniaci, questi ultimi costituirono una propria organizzazione politica e militare proclamando, nel giugno del 1992 a Mostar la Comunità Croata di Herceg-Bosna. A novembre cominciarono violenti combattimenti tra croati bosniaci e musulmani, dopo l'accordo di spartizione della Bosnia stipulato tra i presidenti yugoslavo e croato. Il breve assedio croato del quartiere musulmano di Mostar è molto meno noto dell'assedio di Sarajevo.

Nell'agosto del 1992, il Consiglio di Sicurezza dell'ONU approvò l'uso della forza per garantire l'arrivo a destinazione degli aiuti umanitari, e a novembre 6000 soldati dell'ONU furono inviati in Bosnia-Erzegovina a questo scopo. Nel gennaio del 1993, l'impotenza delle truppe delle Nazioni Unite raggiunse il culmine: a un posto di controllo serbo il vicepresidente della Bosnia-Erzegovina fu prelevato da un blindato dell'ONU e giustiziato sotto gli occhi dei soldati francesi della forza di pace.

A metà del 1993, quando la 'pulizia etnica' serba era quasi completata, l'ONU cominciò a discutere della creazione di 'zone di sicurezza' per i musulmani. Una di queste enclave formalmente protetta dall'ONU, la città di Srebrenica, è adesso tristemente famosa per il massacro del 1995, quando 6000 uomini musulmani del posto furono strappati alla 'sicurezza' e gettati in fosse comuni, senza provocare nessuna reazione da parte dell'ONU. Solo l'attacco dei mortai serbi contro un affollato mercato di Sarajevo, che portò alla morte di 68 civili, spinse l'ONU a cominciare ad affrontare seriamente i serbi.

Nell'agosto del 1995 - quando i serbi bosniaci si trovavano sulla difensiva, ma i musulmani e i croati non avevano ancora deciso un affondo per conquistare nuove terre - il presidente degli USA Clinton varò un piano di pace. Una conferenza tra le parti, tenutasi negli Stati Uniti, portò a una bozza di accordo secondo la quale il paese avrebbe mantenuto i confini di prima della guerra ma sarebbe stato diviso in due entità separate: la Federazione musulmano-croata della Bosnia-Erzegovina (Federacija Bosne i Hercegovine) e la Repubblica serba di Bosnia ed Erzegovina (Republika Srpska). Dopo la firma dell'accordo di dicembre, le truppe serbe e croate si ritirarono oltre le linee previste, e una forza della NATO di mantenimento della pace prese posizione tra i contendenti.

L'attuale sistema di governo della Bosnia-Erzegovina, stabilito dagli accordi di Dayton, fa del paese una delle democrazie più complesse del mondo: il presidente condivide la carica con altri due presidenti, eletti dalle rispettive comunità: croata, musulmana e serba. Essi si alternano alla guida dell'organo collegiale ogni otto mesi. I capi del governo sono tre presidenti del Consiglio dei Ministri che nominano insieme i membri del consiglio. Oltre a questo sistema di tripla presidenza, ci sono anche un presidente della Federazione della Bosnia-Erzegovina e un presidente della Republika Srpska.

Le elezioni dell'ottobre 2002 sono state per la prima volta interamente gestite dalle autorità bosniache senza l'OSCE (Organization for Security and Cooperation in Europe). Sono stati eletti i membri della presidenza tripartita Mirco Sarovic (serbo), Sulejman Tihic (bosniaco), Dragan Covic (croato) a capo di una coalizione che rappresenta i rispettivi partiti nazionalisti SDS-SDA-HDZ. Ma il nuovo primo ministro Adnan Terzic (bosniaco), è riuscito a formare il governo soltanto a metà gennaio 2003, dopo che la lista dei ministri è passata al vaglio dell'ufficio dell'Alto rappresentante della Comunità Internazionale, lord Paddle Ashdown.

Il 2 aprile 2003 l'esponente serbo della presidenza tripartita, Mirko Sarovic, è stato costretto a lasciare l'incarico dopo essere stato accusato di non aver impedito all'azienda serbo-bosniaca Orao di vendere illegalmente componenti militari all'Iraq, violando l'embargo. All'epoca dei fatti contestatigli, Sarovic era presidente della Repubblica Srpska (Rs, entità serba della Bosnia). Lo ha sostituito Borislav Paravac.

Il 12 e il 13 giugno a Prijedor si è svolta una votazione dal forte valore simbolico. Mentre nei 25 paesi della nuova Unione Europea si è votato per il Parlamento europeo, a Prijedor (che durante la guerra fu tragico luogo della pulizia etnica e dei campi di concentramento) si è espressa la volontà di aderire, in futuro, all'Unione Europea. Per questo motivo, migliaia di schede sono state firmate e inviate a Bruxelles.

Nel luglio del 2004 è stata completata la ricostruzione del ponte di Mostar, un monumento e un simbolo storico distrutto dalla guerra. I serbi bosniaci, intanto, sembrano aver rinunciato alle loro aspirazioni secessioniste. Bisogna riconoscere, tuttavia, che la guerra, anche se ormai lontana, continua ad essere ben presente nella psiche nazionale. Nonostante persistano le divisioni etniche, la tensione si sta un po' affievolendo e sempre più rifugiati stanno ritornando alle loro case.