La Bosnia-Erzegovina occupa una superficie a forma di punta di freccia seghettata poco più grande di quella della Slovacchia. Il paese si trova subito a est del mare Adriatico e confina a nord, sud e ovest con la Croazia, e a est con la Serbia e il Montenegro. Uno stretto lembo della Bosnia si incunea nella Croazia meridionale e raggiunge l'Adriatico, dando al paese 20 km di costa.

All'interno dei confini stabiliti dall'accordo di Dayton, la Bosnia è divisa in due parti quasi uguali: la Federazione musulmano-croata, che occupa circa il 51% del territorio, e la Republika Srpska, che ne occupa il 49%.

Il paesaggio della Bosnia centrale e meridionale è dominato dalle Alpi Dinariche, punto di incontro di tre ecosistemi diversi: quello mediterraneo, quello balcanico e quello centro-europeo. Nel nord il fiume Sava è costeggiato da pianure e altipiani. La cima più alta del paese è il Maglic in Erzegovina (2385 m). Tutta la Bosnia-Erzegovina è territorio a grande rischio sismico.

Come in tutta la zona, anche in Bosnia l'estate è calda e l'inverno gelido. La temperatura media di Sarajevo è di 1°C a gennaio e di 21°C a luglio. La primavera (aprile e maggio) è il periodo migliore per osservare le ricchezze di flora e di fauna del paese, anche se le terre più alte sono a volte ancora ricoperte di neve.