Le prime elezioni presidenziali si tennero nell'aprile 2002 e il leader indipendentista Xanana Gusmao ottenne una netta vittoria. All'indipendenza del maggio 2002 seguirono negoziati con l'Australia per regolare il possesso di riserve di petrolio e gas nel mare di Timor. Furono anche condotti processi nei confronti dei responsabili dei crimini del 1999. I diritti per lo sfruttamento dei giacimenti marini e il sostegno delle Nazioni Unite e del Portogallo rimangono la principale fonte di reddito di Timor Est. Nel maggio del 2004 le Nazioni Unite hanno ridotto il contingente di crisi da 3000 a 700 unità, in previsione della felice conclusione del loro mandato. Nel 2006, tuttavia, a Dili stazionavano ancora 1000 soldati australiani, impegnati a contenere i disordini urbani.