I paesi che confinano con il Pakistan sono diversissimi fra loro: l'Iran a sud ovest, l'Afganistan a ovest e a nord, la Cina a nord-est e l'India a est. La costa meridionale è bagnata dal Mare Arabico. Nel nord ci sono altissime montagne (tra le quali la seconda vetta del mondo, il K2 alto 8611 m), a ovest ci sono monti più aridi, a sud-ovest domina l'inospitale altopiano, a sud-est si estende il deserto, mentre il resto del paese è costituito da pianure alluvionali. Le pianure, circa un terzo del territorio pakistano, sono il cuore del paese e costituiscono le regioni più fertili e la parte più densamente abitata. Dal Tibet scende il fiume Indo, che dopo una corsa di 2500 km forma un enorme delta e si getta nel Mare Arabico.

La flora delle pianure è irregolare e alterna prati a radi boschetti. Salendo di quota, nelle montagne del nord si trovano foreste di conifere e pendii coperti di fiori dai mille colori. Gli animali più comuni sono orsi, leopardi delle nevi, cervi e sciacalli. Lungo gli 800 km di costa abbondano squali, crostacei e tartarughe; nelle zone paludose del delta dell'Indo vivono coccodrilli.

In Pakistan ci sono tre stagioni: fresca (da ottobre a febbraio), calda (da marzo a giugno) e umida (da luglio a settembre). Ovviamente tra una regione e l'altra ci sono molte differenze. Al sud nella stagione fresca la temperatura non scende mai troppo, mentre nelle montagne del nord di notte si gela. La stagione calda è umida e soffocante al sud, ma è più piacevole al nord. Nella stagione umida l'ultima propaggine dei monsoni inzuppa la striscia del Punjab compresa tra Lahore e Islamabad. All'estremo nord piove poco perché quasi tutte le nuvole sono bloccate dalle alte montagne (da tenere a mente per chi fa trekking).