I primi a giungere nella penisola malese all'incirca 10.000 anni fa furono gli Orang Asli, provenienti dalla Cina sudoccidentale. Moltissimi anni dopo, la penisola cadde sotto il dominio dell'impero cambogiano di Funan, dell'impero Srivijaya di Sumatra e, infine, dell'impero Majapahit di Java finché non vi giunsero i Cinesi, che si stabilirono a Melaka nel 1405. Allo stesso periodo risale la rapida diffusione della religione islamica. La ricchezza di Melaka attirò su di sé le attenzioni delle potenze europee, che presto ne presero il controllo (i portoghesi nel 1511 e gli olandesi nel 1641). Solo nel 1795 Melaka passò agli Inglesi, che avevano già fondato un florido porto commerciale a Penang nel 1786.

Gli inglesi colonizzarono l'interno della penisola man mano che nuove miniere di stagno venivano scoperte. Diversamente, la Malaysia orientale cadde sotto il dominio della corona britannica indirettamente, attraverso l'avventuriero Charles Brooke (nominato Rajah di Sarawak nel 1841 dopo aver soppresso una rivolta popolare contro il sultano del Brunei) e la Compagnia commerciale del Borneo settentrionale (che amministrava lo stato di Sabah dal 1882). Il controllo inglese sui due stati orientali fu poi assunto formalmente solo dopo la seconda guerra mondiale. Ai fini dello sviluppo dell'industria della gomma e dell'estrazione dello stagno, gli inglesi considerarono insufficiente la forza lavoro locale e vi trasferirono forzatamente un gran numero di indiani, alterando così il substrato razziale della penisola.

I guerriglieri filocomunisti, che già avevano combattuto i giapponesi invasori della Malaya durante la seconda guerra mondiale, iniziarono fin dal 1948 una lotta armata contro il dominio inglese e conseguirono l'indipendenza nel 1957. Gli stati di Sarawak, Sabah e Singapore si unirono così con la Malaya per formare la Malaysia nel 1963, confederazione da cui si ritirò Singapore solo due anni dopo. All'istituzione della confederazione si opposero tanto le Filippine quanto l'Indonesia, paesi che avanzavano pretese territoriali sulla Malaysia orientale, e la tensione raggiunse il suo culmine nel 1963 quando le truppe indonesiane passarono il confine per essere respinte dall'esercito malese coadiuvato da contingenti appartenenti al Commonwealth britannico. Nel 1969 ci furono anche violenti scontri tra le etnie malese e cinese, poi rimaste in rapporti relativamente pacifici. Il partito denominato United Malays National Organisation (Organizzazione Nazionale Malesi Uniti - UNMO) è al governo dal 1974 e il paese ha goduto di un boom economico sotto il governo del primo ministro Mahathir Mohamad, desideroso di mostrarsi agli occhi del mondo come un leader pan-asiatico, fino al 1997. Durante tale anno, infatti, la crisi economica che ha investito gli altri paesi del Sud-Est asiatico ha trascinato con sé il ringgit.

Nel settembre 1998 la Malaysia ha ospitato i Giochi del Commonwealth che però sono stati l'occasione attesa dagli studenti e da numerosi cittadini per protestare contro l'ingiusto allontanamento e la successiva carcerazione del vice primo ministro Anwar Ibrahim. Le dimostrazioni di piazza per ottenere le dimissioni di Matahir Mohamad sono state frequenti e hanno messo a repentaglio la reputazione della Malaysia, considerata uno dei paesi più stabili dal punto di vista politico del Sud-Est asiatico. Gli sconvolgimenti sociali sono ormai quasi solo un ricordo e l'economia del paese è tornata competitiva, anche se rimane ancora instabile.

Nel luglio 2002 il primo ministro Mahathir Mohamad aveva annunciato l'intenzione di ritirarsi alla fine del 2003 e aveva designato come suo successore il vice-premier Abdullah Ahmad Badawi. La successione è avvenuta il 31 ottobre 2003. Il nuovo primo ministro ha avviato una campagna anticorruzione mettendo sotto inchiesta esponenti del precedente governo, guadagnando un'enorme popolarità che gli ha permesso di vincere le elezioni del 21 marzo 2004 conquistando 198 seggi sui 219 del Parlamento (Dewan Rakyat). Non sono mancate, tuttavia, accuse rivolte a Badawi di ipocrisia, nepotismo, torture e incarcerazioni senza processo inflitte agli oppositori.

nell'aprile 2009 è stato eletto Primo Ministro Mohd. Najib bin Tun Abdul Razak che nel suo discorso inaugurale ha promesso una "rinnovata passione per il servizio alla nazione". Staremo a vedere.