La Malaysia è divisa in due parti ben definite: quella peninsulare e quella orientale, che comprende gli stati di Sarawak e di Sabah nel Borneo settentrionale. Queste due parti distano 650 km e sono separate dal Mare Cinese Meridionale. La Malaysia peninsulare confina con la Thailandia e Singapore, mentre quella orientale con Kalimantan (il Borneo indonesiano) e, per quanto riguarda Sarawak, con la piccola enclave del Brunei. Il Mare delle Andamane bagna la costa occidentale della penisola, il già ricordato Mare Cinese Meridionale la parte orientale della penisola, Sarawak e Sabah.

Il 40% del territorio nazionale montuoso si trova nella penisola malese, percorsa da nord a sud da diverse catene rocciose. La fascia costiera occidentale è ampia e pianeggiante, utilizzata per l'agricoltura, mentre quella orientale è assai più ridotta. Sabah e Sarawak sono coperti da giungle fitte e sono percorsi da un rete idrica assai ramificata. A Sabah vi è anche il Monte Kinabalu (4101 m), uno dei più alti in tutto il Sud-Est asiatico.

Più del 60% del paese è ancora ricoperto da una giungla tropicale ma, sfortunatamente, il progetto governativo di costruire una diga a Sarawak dovrebbe distruggerne 27.600 ettari e ciò non rappresenta sicuramente un buon segno per il futuro. La Malaysia peninsulare vanta ben 8000 diverse specie di piante da fiore, di cui 2000 arboricole, 800 varietà di orchidee e 200 tipi di palma. La fauna è composta da elefanti, rinoceronti, tigri, leopardi, tapiri, orsi malesi, orangutan e gibboni. La varietà di specie di volatili della Malaysia orientale è una delle più incredibili del mondo.

Il clima della Malaysia è caldo e umido durante tutto l'anno. Le temperature oscillano solitamente tra i 20° e i 30° e l'umidità è quasi sempre del 90%. L'intera regione gode di un clima monsonico, ma solo la costa orientale della penisola ha una vera e propria stagione delle piogge. L'intensità delle precipitazioni è massima tra settembre e dicembre sulla costa occidentale della penisola e tra ottobre e febbraio sulla costa orientale, a Sarawak e a Sabah. Quando piove è sempre per poco e di solito si manifesta in scrosci improvvisi.