Si ritiene che i primi abitanti dell'arcipelago indonesiano fossero originari dell'India o della Birmania. Nel 1890 furono ritrovati dei resti fossili del cosiddetto Uomo di Java (un homo erectus di circa 500.000 anni fa) nella parte orientale dell'isola. La successiva ondata migratoria (detta 'malese') arrivò dalla Cina meridionale e dall'Indocina, e cominciò a popolare l'arcipelago intorno al 3000 a.C. Potenti gruppi di potere, come l'impero buddhista Srivijaya e il regno hindu Mataram, si svilupparono a Java e Sumatra verso la fine del VII secolo. L'ultimo importante regno hindu fu quello di Majapahit, che fu fondato nel XIII secolo. La successiva diffusione dell'Islam nel XIV secolo costrinse i Majapahit a ritirarsi a Bali nel XV secolo.

Nel XV secolo, si sviluppò un potente impero musulmano con al centro Melaka (Malacca) nella penisola malese, ma ebbe vita breve e cadde nelle mani dei Portoghesi nel 1511. Gli olandesi subentrarono ai lusitani e cominciarono a penetrare in Indonesia. La Compagnia Unita delle Indie Orientali, con sede a Batavia (Jakarta) che dominava il commercio delle spezie, assunse il controllo di Java intorno alla metà del XVIII secolo, quando era ormai in declino. Gli olandesi presero il potere agli inizi del XIX secolo e all'inizio del secolo successivo l'intero arcipelago - comprese Aceh e Bali - era sotto il loro controllo.

Il nascente nazionalismo e l'occupazione giapponese durante la II guerra mondiale minarono la determinazione degli olandesi, che infine rinunciarono alla sovranità a favore della nuova repubblica indonesiana nel 1949. Achmed Sukarno, il principale esponente dell'autonomia fin dall'inizio degli anni '20, fu eletto presidente. Nel 1957, dopo un confuso periodo di democrazia parlamentare, Sukarno esautorò il parlamento, dichiarò la legge marziale e diede inizio a una forma di governo più autoritaria, che chiamò 'democrazia guidata'. L'usurpazione di Sukarno ebbe immediate conseguenze: nel 1958 scoppiarono rivolte a Sumatra e Sulawesi, subito soffocate.

Il consolidamento del potere di Sukarno alleviò ben poco i problemi economici del paese. La sua ostentata vanità si tradusse in una serie di grandiosi progetti edilizi in stridente contrasto con la diffusa povertà della popolazione. L'instabilità regnò per diverso tempo mentre Sukarno lanciava la Konfrontasi contro la Malaysia e si ritirava dalle Nazioni Unite, intendendo avviare un'economia di tipo socialista. Gli eventi precipitarono nel 1965, quando un tentato colpo di stato, probabilmente da parte di gruppi comunisti, provocò la morte di molti generali dell'esercito e minò il potere di Sukarno.

Il generale Suharto, responsabile della brutale repressione del golpe, assunse infine il comando. A differenza dei turbolenti anni di Sukarto, Suharto cercò di affrontare i problemi economici del paese, di rafforzare l'unità nazionale, di promuovere l'apertura e di moderare gli eccessi. Ma la polemica invasione e annessione di Timor Est nel 1975, il massacro di Dili, il nepotismo e i favoritismi nell'amministrazione e negli affari e il mancato rispetto dei diritti umani hanno dimostrato che molti di quegli eccessi sono ancora presenti.

Nel 1997 e 1998, l'economia indonesiana ha avuto un tracollo: nel gennaio del 1998 la rupia è stata definita 'la valuta peggiore del mondo', 2,5 milioni di persone hanno perso il lavoro e il FMI ha imposto misure di austerità per concedere prestiti consistenti. Molti indonesiani hanno pensato che la crisi fosse stata provocata dal nepotismo diffuso e alcuni intrepidi hanno suggerito le dimissioni di Suharto.

I problemi economici sono coincisi con un monsone di violenza inusitata e con enormi incendi che hanno distrutto milioni di ettari di foreste. Sulawesi e Kalimantan sono andati in fiamme e praticamente tutto l'arcipelago è rimasto sotto una fitta coltre di fumo per settimane, impedendo l'atterraggio degli aerei, provocando collisioni in mare e soffocando la popolazione. Gli incendi sono stati particolarmente crudeli con la popolazione di orang-utan, distruggendo grandi riserve e uccidendo un numero imprecisato di animali, aggravando ulteriormente il rischio di estinzione per questa specie.

Nel marzo del 1998, il presidente ha deciso di restare in carica altri 5 anni mostrandosi però sempre meno in sintonia con il paese. La carenza di generi alimentari e l'aumento dei prezzi reso ancora più grave dal pacchetto di misure economiche del FMI hanno provocato dimostrazioni antigovernative, culminate in maggio dopo l'uccisione di 6 studenti da parte dell'esercito. Oltre 500 persone sono morte a Jakarta nei tumulti che sono seguiti e Suharto si è finalmente dimesso il 21 maggio. Gli attacchi contro la popolazione cinese dell'Indonesia sono stati particolarmente cruenti e migliaia di Cinesi hanno lasciato il paese. In accordo con la costituzione indonesiana, Suharto è stato rimpiazzato dal (ben poco popolare) vice presidente, Jusuf Habibie.

Habibie ha scelto una linea vagamente democratica, ordinando a malincuore una indagine sugli introiti di Suharto, promettendo riforme economiche e annunciando l'indipendenza o l'autonomia per la sventurata popolazione di Timor Est. Nel novembre del 1998, le tensioni sono esplose nuovamente provocando insurrezioni di massa e una serie di sanguinosi scontri tra soldati e studenti. A ciò si è aggiunta la violenza religiosa (soprattutto nelle isole di Ambon e Kalimantan), con musulmani che hanno distrutto chiese e ucciso cristiani, mentre a Kalimantan Dayaki e Maduresi si sono scontrati con terribili conseguenze. La milizia pro-indonesiana, all'indomani della vittoria del referendum per l'indipendenza di Timor Est - organizzato dalle Nazioni Unite il 30 agosto 1999 -, ha massacrato migliaia di persone, rendendo sempre più remota l'ipotesi di una transizione a un governo democratico. La drammaticità della situazione ha reso necessario l'invio di una forza internazionale di pace.

Dopo molte discussioni e colloqui di protocollo internazionale, le Nazioni Unite e l'Australia sono entrati nella mischia: le Nazioni Unite hanno inviato un numero simbolico di truppe per esprimere disapprovazione rispetto ai metodi indonesiani, mentre l'Australia ha inviato un grosso contingente del suo esercito a Timor Est. L'Indonesia si è dichiarata sdegnata da ciò che ha considerato un atto di aggressione e un'ingerenza non richiesta nei suoi affari interni, e ci sono stati momenti di stallo caratterizzati da tensione durante le molte riunioni ad alto livello. Molte sottili minacce sono state perpetrate, ma nessuna è stata realizzata. Una volta calmatosi il polverone, Timor Est si era conquistata infine l'indipendenza sulle rovine ancora fumanti della sua terra: Habibie estromesso, Mr Abdurrahman Wahid primo presidente democraticamente eletto al potere, il Generale Wiranto, capo dell'esercito indonesiano, destituito; i gruppi della milizia sparpagliati nelle strade di Jakarta; la rupia ancora in condizione critica, e le relazioni tra Indonesia e Australia ancora tese e frammentarie, ma leggermente migliorate.

Nel settembre 2001 Wahid è stato destituito. L'attuale capo dello stato è Megawati Sukarnoputri, la vice presidente divenuta leader dello schieramento parlamentare che da mesi era in rotta di collisione con Wahid.

A partire dall'11 settembre 2001 il Pentagono ha cercato una più stretta collaborazione con i militari indonesiani per la "guerra al terrorismo" e il Congresso ha incrementato gli aiuti economici al governo di Jakarta affinché potenzi le truppe e modernizzi le forze di polizia.

Nell'aprile del 2002, Xanana Gusmao (il poeta guerriero, simbolo della lotta per l'indipendenza) ha ottenuto quasi l'83% dei voti nelle prime elezioni della nuova nazione di Timor Est. L'indipendenza è stata proclamata alla mezzanotte del 19 maggio, alla presenza del segretario generale dell'ONU Kofi Annan.

Con l'Indonesia protagonista di numerose crisi - la già citata "guerra al terrorismo", la provincia di Aceh, Papua Occidentale e gli attacchi a Bali dell'ottobre 2002, per citare solo alcuni episodi, Megawati Sukarnoputri ha ora davanti a sé un periodo di duro lavoro.

Il 9 dicembre 2002, a Ginevra, il governo indonesiano e i ribelli separatisti della provincia di Aceh (situata nell'estremità settentrionale dell'isola di Sumatra, è ricca di gas naturale e di petrolio) hanno firmato un accordo di pace che dovrebbe mettere fine a vent'anni di violenze. L'accordo, che gode di un forte sostegno internazionale, prevede il cessate il fuoco, il ritiro dell'esercito indonesiano contestualmente alla deposizione delle armi da parte dei ribelli, supporti finanziari per ricostruire la provincia e far riconciliare le parti, le elezioni provinciali (previste per il 2004). Il governo indonesiano concederà ad Aceh uno statuto di autonomia e riceverà in cambio dalla provincia il 70% dei proventi del gas naturale, che è la sua principale risorsa. L'applicazione dello storico accordo è stata tuttavia turbata da continue violazioni del cessate il fuoco. Finché il 19 maggio 2003 è stata imposta la legge marziale nell'Aceh per sferrare un'offensiva con 40 mila militari contro i circa 5.000 combattenti del GAM. Ai turisti è stato vietato l'ingresso nella regione e serie restrizioni hanno limitato l'ingresso e il lavoro di giornalisti e operatori umanitari.

Il 5 agosto 2003 un attentato dinamitardo ha colpito l'hotel Marriott di Jakarta nell'area di Kuningan causando la morte di 12 persone e il ferimento di altre 150.

Le elezioni parlamentari dell'aprile 2004 hanno avuto esiti preoccupanti poiché il Golkar, il partito espressione delle forze armate già al potere durante il regime autoritario di Suharto, ha sorpassato il PDI-P della presidentessa Sukarnoputri. Quattro partiti islamici, seppure divisi e con visioni diverse, sommati insieme hanno superato il 30% e possono condizionare fortemente la politica indonesiana. Alle presidenziali il Golkar candida Wiranto, generale di Suharto tuttora legato alle forze armate accusato dalle Nazioni Unite di crimini contro l'umanità per la repressione della rivolta di Timor Est nel 1999.

Nei primi mesi del 2005 Indonesia e Malaysia si sono scontrate, principalmente sul piano politico, per il possesso dei giacimenti sottomarini di petrolio e gas naturale situati nella zona di Ambalat Est. I due paesi hanno inviato marina e aviazione nell'area, ma al momento risulta poco probabile che scoppi un conflitto armato. Un diffuso sentimento anti-malese è presente nella società civile, ma è poco probabile che il presidente Susilo Bambang Yudhoyono scelga di ricorrere alla forza.

Un terremoto di magnitudo 7.6 gradi Richter, con epicentro nel mare a circa 80 Km. da Padang (Sumatra), ha colpito nel pomeriggio del 30 settembre 2009 la costa occidentale di Sumatra fra le zone di Padang e quelle dell’isola di Siberut (isole Mentawai), provocando un bilancio di circa 1100 morti e 4000 feriti.