L'arcipelago indonesiano comprende oltre 13.000 isole e confina con Malaysia e Papua Nuova Guinea. Lungo la costa occidentale di Sumatra si trova una dorsale formata da una serie di vulcani, alcuni attivi e altri spenti, che attraversa Java, Bali, Nusa Tenggara e aggira le Isole Banda di Maluku fino a raggiungere la parte nordorientale di Sulawesi. Meno del 10% del territorio totale è coltivabile, mentre due terzi sono formati da boschi, foreste di alberi e di mangrovie (soprattutto a Sumatra, Kalimantan, Sulawesi e Irian Jaya).

Il lussureggiante ambiente naturale favorisce la presenza di fauna e flora molto diversificate. L'arcipelago ospita elefanti, tigri, leopardi e orang-utan. Le tartarughe marine si trovano nelle acque intorno a Bali, mentre il fiore più grande del mondo, la rafflesia, cresce a Sumatra. Le isole di Irian Jaya, Java, Kalimantan, Sulawesi e Sumatra hanno dei parchi nazionali, mentre altri proteggono aree particolari come Komodo, dove vive il 'drago di Komodo'. Le foreste stanno sparendo velocemente, soprattutto nel Kalimantan, dove le grandi foreste di dipterocarpacee vengono ferocemente abbattute per ottenere il pregiato legname tropicale.

Attraversata dall'equatore, l'Indonesia ha un clima abbastanza uniforme: caldo e umido durante la stagione delle piogge (da ottobre ad aprile), caldo e secco da maggio a settembre. Le temperature arrivano fino a 31°C nelle regioni costiere, mentre si abbassano nell'interno. Il periodo migliore per visitare l'Indonesia va da aprile a ottobre.