La maggior parte dei visitatori arriva nel paese con l'aereo, a Tokyo, ma vi sono altri mezzi per raggiungere il Giappone. Per iniziare, vi sono molti altri scali, alcuni dei quali sono sicuramente dei punti di accesso migliori rispetto al nuovo scalo di Tokyo (Narita international airport). Un'altra possibilità di raggiungere il Giappone è quella via mare da uno dei paesi confinanti, in particolare dalla Corea del Sud.

Esiste anche la possibilità di prendere la transiberiana dalla Russia: ovviamente dovete godere di molto tempo, ma il panorama vale la pena.

I trasporti aerei sono comodi per spostarsi dalle isole principali a quelle minori e spesso non risultano più costosi dei treni. Verificate se avete diritto a qualche sconto perché sono previste riduzioni piuttosto bizzarre. Il mezzo di trasporto per antonomasia in Giappone sono i treni: veloci, frequenti, puliti, confortevoli e spesso molto costosi. I servizi vanno dalle piccole linee locali agli shinkansen o 'treni proiettile', simbolo del Giappone moderno. Gli shinkansen raggiungono velocità pari a 270 km/h, sono efficientissimi e si possono utilizzare con il Rail Pass, una delle poche soluzioni economiche previste dal Giappone nell'ambito dei trasporti. Il Rail Pass deve essere acquistato quando ci si trova ancora all'estero ed è valido per quasi tutti i servizi delle ferrovie giapponesi. In genere gli autobus intercomunali sono più lenti dei treni, ma in compenso costano molto meno; inoltre, a meno che non optiate per il vagone letto, viaggiare di notte su un autobus con i sedili reclinabili è preferibile a dover passare la nottata in piedi su un treno.

Spostarsi per il Giappone in automobile è molto più fattibile di quanto si creda normalmente. A Tokyo è meglio evitare di mettersi al volante, ma nel resto del paese si trovano una discreta segnaletica in inglese, conducenti generalmente cauti, benzina non più cara che in Europa (il che significa comunque che costa il triplo rispetto agli Stati Uniti) e parcheggi non così introvabili come la mitologia popolare tende a far credere. La motocicletta può essere un ottimo mezzo per spostarsi; in molte località si trovano i cosiddetti 'step-thru' con 50cc di cilindrata, che si possono guidare senza patente. In Giappone il traffico circola sulla sinistra.

È perfettamente fattibile anche visitare il Giappone in bicicletta. Il segreto per godersi una vacanza sulle due ruote è tenersi lontani dalle rotabili principali e spostarsi sui tragitti meno battuti. Con i traghetti si possono visitare parti del Giappone che altrimenti non è possibile raggiungere; una fitta rete di traghetti collega Kyushu, Shikoku e la costa meridionale della zona occidentale di Honshu solcando le acque del Mare Interno. Altri traghetti mettono in comunicazione le isole principali con le numerose isole più piccole e con quelle attorno a Okinawa proseguendo fino a Taiwan.

I trasporti locali in genere sono efficienti. Le città più grandi hanno la metropolitana, che è il mezzo più veloce e più pratico. Pressoché tutte le città giapponesi hanno anche gli autobus, ma in genere sono difficili da usare per gli stranieri, è molto più semplice utilizzare i tram, presenti in alcune città. I taxi sono comodi ma costosi.