Con i suoi cieli limpidi e i ciliegi in fiore, la primavera (da marzo a maggio) è probabilmente la stagione più celebrata in Giappone, ma coincide con il periodo delle vacanze giapponesi e, di conseguenza, molte delle località più rinomate tendono a essere piene di turisti locali. L'autunno (da settembre a novembre) è un periodo splendido per visitare il paese: le temperature sono piacevoli e la campagna si riveste di colori fantastici. Nel culmine della stagione invernale (da dicembre a febbraio) può fare molto freddo, mentre con il caldo estivo (da giugno ad agosto) avventurarsi anche solo brevemente in una zona senza aria condizionata può diventare un'impresa estenuante; il vantaggio di questi periodi è che le mete turistiche in genere sono meno affollate. Quando si pianifica il viaggio è utile ricordarsi anche dei periodi festivi: spostarsi e cercare un albergo a Capodanno, nella Settimana d'Oro (tra la fine di aprile e l'inizio di maggio) e durante la festa dell'O-bon, in estate, può diventare molto problematico.

Durante le due più importanti feste giapponesi, il Capodanno (dal 29 dicembre al 6 gennaio) e la Settimana d'Oro (che include la Festa Verde, la Festa della Costituzione e la Festa dei Bambini, dal 27 aprile al 6 maggio) è pressoché impossibile trovare posto sui mezzi di trasporto e negli alberghi. Un'altra manifestazione importante è la Festa degli Adulti (15 gennaio), quando si celebrano cerimonie per i ragazzi che raggiungono la maggiore età (20 anni). In questa giornata i Giapponesi festeggiano anche la fine dell'inverno lanciando fagioli e intonando canti per "attirare la buona sorte e scacciare i demoni". L'Hanami (contemplazione degli alberi in fiore) di solito dura da febbraio ad aprile; la romantica Tanabata Matsuri (Festa delle Stelle) si celebra il 7 luglio; tra metà luglio e agosto in occasione dell'O Bon (Festa dei Morti) si accendono lanterne che vengono lasciate a galleggiare nei fiumi, nei laghi e in mare per simboleggiare il ritorno dei defunti all'aldilà.

Il Gion Matsurai di Kyoto (17 luglio), che è forse la festa più famosa di tutto il Giappone, culmina con una parata di enormi carri trainati a mano e riccamente decorati; questa celebrazione risale a un episodio del IX secolo, quando gli abitanti di Kyoto chiesero agli dei di porre fine a una pestilenza che stava devastando la città. Passando a manifestazioni più bizzarre, il Niramekko Obisha (20 gennaio; Chiba) consiste in una gara in cui bisogna fissarsi bevendo sake; vince chi resiste più a lungo senza scoppiare a ridere. Lo Yah-Yah Matsuri Festival (inizio di febbraio; Owase) prevede che i contendenti urlino 'yah yah!' cercando di incutere paura. In occasione del Knickers Giving Day (14 marzo) gli uomini ricambiano il dono ricevuto a San Valentino regalando alle loro fidanzate un paio di mutandine.