Il Brunei è costituito da due territori separati, lontani fra loro circa 30 km. Sono ambedue bagnati a nord dal Mar Cinese Meridionale e confinano con la provincia malese del Sarawak sugli altri lati. Il Brunei occidentale si presenta come un bassopiano ondulato; la parte orientale è invece costituita da una pianura costiera con rilievi che raggiungono i 1841 m di altezza a Bukit Pagon. La maggior parte del Brunei è coperto dalla giungla. Solo il 15% del paese è coltivato, per cui il Brunei deve importare l'80% del suo fabbisogno alimentare.

Il Brunei non ha un'alternanza ben distinta della stagione delle piogge e della stagione secca. Può piovere durante tutto l'anno con punte fra settembre e gennaio. Le temperature si mantengono costanti fra i 24°C e i 31°C. L'umidità, mediamente del 79%, determina un clima assai caldo e afoso.