Il Bhutan, paese senza sbocchi sul mare, è grande all'incirca quanto la Svizzera. Confina con il Tibet a nord e a nord-ovest e con l'India in tutte le altre direzioni. Virtualmente, tutto il territorio del paese è montuoso. La vetta più alta è quella del Kuhla Gangri (7554 m) al confine con il Tibet. Procedendo da nord a sud, si possono distinguere tre regioni geografiche: le alte vette dell'Himalaia a nord, le colline e le valli nel centro e le pianure ai piedi delle colline a sud. I suoi grandi fiumi hanno contribuito alla creazione della sua geografia e il loro enorme potenziale idrico ha contribuito allo sviluppo dell'economia.

Grazie a secoli di isolamento, alla sua popolazione ridotta e ai suoi estremi topografici, l'ecosistema del Bhutan è rimasto virtualmente intatto e può vantare una vastissima varietà di habitat naturali e una ricca gamma di specie animali e vegetali. Secondo la legge bhutanese, il 60% del territorio del regno rimarrà destinato alla foresta. Attualmente, le foreste coprono circa il 72% del territorio e comprendono una ricchissima gamma di specie vegetali: più di 5000 specie, tra cui più di 300 tipi diversi di erbe medicinali. Ci sono 165 specie di mammiferi, tra cui molti animali rari e in via di estinzione, come il langur dorato, il leopardo delle nevi e il panda rosso. Finora, sono state registrate 675 specie di uccelli, tra cui la gru dal collo nero, specie in via di estinzione.

Poco più di un quarto del regno si trova all'interno di aree protette che comprendono regioni disabitate. Un Programma integrato di sviluppo e difesa in corso in questo momento sta riconciliando le necessità della comunità e la difesa dell'ambiente che sta alla base dell'etica economica del Bhutan. I parchi nazionali proteggono ecosistemi molto importanti e non sono intesi per essere luoghi turistici. In molti casi non vi renderete nemmeno conto di essere entrati o usciti da un'area protetta.

Il clima del Bhutan varia moltissimo tra le zone tropicali dei confini meridionali e le vette perennemente innevate dell'Himalaia, solo 150 km più a nord in linea d'aria. Il Bhutan si trova alla stessa latitudine di Miami e del Cairo, ma il suo clima dipende soprattutto dall'altitudine. Il paese è colpito dai monsoni ed è quindi molto più piovoso di altre regioni dell'Himalaia: a volte le precipitazioni piovose raggiungono i 5,5 m all'anno.